Ini ialah arahan indigo-deco yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
indigo-deco - pengesanan perancah molekul dan penyahkonvolusian kumpulan R
SINOPSIS
indigo-deco fail [parameter]
indigo-deco -h
DESCRIPTION
indigo-deco melaksanakan pengesanan perancah molekul dan penyahkonvolusian kumpulan R. Diterima
format ialah: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES dan CML.
PILIHAN
indigo-deco menerima parameter berikut.
-h Cetak mesej bantuan
-a Kira anggaran perancah (lalai adalah tepat)
-s
Tulis perancah maksimum yang ditemui kepada molfile
-S
Tulis semua perancah yang ditemui ke fail SD
-l
Jangan kira perancah, tetapi muatkan ia dari fail
-sr
Tulis perancah dengan tapak-R pada fail
-o
Tulis molekul yang diserlahkan yang terhasil ke fail
-r
Tulis molekul yang terhasil dengan kumpulan-r yang dipisahkan ke fail
dicipta Tiada pertimbangan aromatik
-- Menandai akhir pilihan
CONTOH
indigo-deco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Baca molekul daripada molfiles dalam direktori semasa, simpan maksimum scaffold yang ditemui
ke scaf.mol dan simpan molekul yang diserlahkan ke hl.sdf.
indigo-deco struktur.mol banyak.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Baca satu molekul daripada structure.mol dan berbilang molekul daripada many.sdf, simpan
molekul dengan r-rgoups ke rg.sdf dan simpan semua scaffolds yang ditemui ke allscafs.sdf.
indigo-deco *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Baca berbilang molekul daripada setiap fail SMILES dalam direktori semasa, baca
perancah dari readyscaf.mol dan simpan molekul yang diserlahkan ke hl.sdf.
Gunakan indigo-deco dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
