Ini ialah arahan masai_mapper yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
masai_mapper - Masai Mapper
SINOPSIS
masai_mapper [PILIHAN]
DESCRIPTION
Masai ialah pemeta bacaan yang pantas dan tepat berdasarkan anggaran biji dan berbilang
berundur.
Lihat http://www.seqan.de/projects/masai untuk maklumat lanjut.
(c) Hak Cipta 2011-2012 oleh Enrico Siragusa.
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
Pilihan Pemetaan:
-mm, --mod-pemetaan STR
Pilih mod pemetaan. Salah satu daripada semua, terbaik, dan mana-mana yang terbaik. Lalai: mana-mana-terbaik.
-mb, --blok pemetaan NUM
Bilangan maksimum bacaan untuk dipetakan sekali gus. Dalam julat [10000..inf]. Lalai:
2147483647.
-e, --kesilapan NUM
Bilangan maksimum ralat setiap bacaan. Dalam julat [0..32]. Lalai: 5.
-sl, --panjang biji NUM
Panjang benih minimum. Dalam julat [10..100]. Lalai: 33.
-ng, --tiada-jurang
Jangan selaraskan bacaan dengan jurang.
Pilihan Indeks Genom:
-x, --indeks STR
Pilih jenis indeks genom. Salah satu daripada esa, sa, qgram dan fm. Lalai: sa.
-xp, --indeks-awalan STR
Tentukan nama awalan indeks genom. Lalai: gunakan awalan nama fail genom.
Pilihan Output:
-o, --fail keluaran FAIL
Tentukan fail output. Lalai: gunakan awalan nama fail membaca. Jenis fail yang sah
ialah: mentah dan sam.
-nc, --tiada-cerutu
Jangan keluarkan rentetan CIGAR. Ini hanya menjejaskan output SAM.
Pilihan Nyahpepijat:
-nv, --tidak-sahkan
Jangan sahkan pukulan benih.
-nd, --tiada-buang
Jangan buang hasil.
-nm, --tiada-berbilang
Lumpuhkan berbilang penjejakan belakang.
VERSION
versi masai_mapper: 0.7.1 [14053] Kemas kini terakhir 2013-05-16
Gunakan masai_mapper dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
