EnglishFrenchSpanyol

Favicon OnWorks

murasaki-mpi - Dalam Talian di Awan

Jalankan murasaki-mpi dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS

Ini ialah arahan murasaki-mpi yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.

JADUAL:

NAMA


murasaki - mengira sauh antara berbilang jujukan

SINOPSIS


murasaki [PILIHAN] -p[pattern] seq1.fa seq2.gbk [seq3.raw ...] #hitung sauh antara seq1.fa dan seq2.gbk menggunakan [pattern]
mpirun murasaki [PILIHAN] -p[pattern] seq1.fa seq2.gbk [seq3.raw ...] #hitung sauh antara seq1.fa dan seq2.gbk menggunakan [corak] secara selari melalui MPI

DESCRIPTION


Murasaki menjana sauh berdasarkan semua urutan yang dibekalkan berdasarkan pengguna yang dibekalkan
pola dan jadual cincang. Pada asasnya setiap asas setiap urutan disembunyikan oleh corak,
membentuk a benih yang digunakan untuk menjana cincang. Lokasi benih disimpan di dalam
hash meja. Setelah semua benih telah dicincang dan disimpan, Murasaki mengimbas jadual cincang,
menjana sauh untuk semua benih yang sepadan. Sauh merujuk kepada selang yang ditetapkan merentasi a
subset daripada urutan input. Ini disimpan dalam namafail .anchors dan diterangkan dalam
"FORMAT FAIL". Secara lalai, sauh dilanjutkan secara maksimum sehingga berpasangan minimumnya
skor penjajaran tidak terpakai jatuh di bawah ambang dalam cara yang sama parameter X-drop
dalam carian seperti BLAST dan BLAST.

CORAK
Murasaki menggunakan jarak benih corak untuk dalam mempertimbangkan benih. A jarak benih pola is
biasanya dinyatakan sebagai rentetan 1s dan 0s semestinya bermula dan berakhir dengan 1. 1s
menunjukkan bahawa bes ini dianggap sebagai sebahagian daripada benih, manakala bes pada kedudukan 0 adalah
bukan. Contohnya dengan corak "1011" jujukan "ACGT" akan sepadan dengan jujukan "AGGT"
dan "ATGT" tetapi bukan "ACTT". Nombor 1 dalam corak dikenali sebagai "berat" bagi
corak, dan bilangan 1s dan 0s digabungkan ialah "panjang" corak. Murasaki
membenarkan penggunaan mana-mana corak arbitrari yang dinyatakan sebagai rentetan 1s dan 0s, dan juga
mentafsirkan corak bentuk "x:y" bermaksud "corak berat secara rawak x dan panjang y."

Pilihan corak jelas memberi kesan kepada kepekaan dan kekhususan, tetapi sama ada
satu corak adalah "lebih baik" daripada yang lain bergantung pada aplikasi dan urutan input
dalam pertimbangan. Mengira "pola biji jarak sensitif maksimum" ialah a
masalah yang sukar secara pengiraan dan terdapat beberapa kertas penyelidikan yang menerangkan
pelbagai kaedah untuk penghampiran ("BACAAN BERKAITAN"). Secara umum, bagaimanapun, "lebih berat"
corak benih jarak kurang sensitif, tetapi lebih spesifik, daripada benih yang lebih ringan.
Secara anekdot kita dapati bahawa benih dengan berat kira-kira 60% hingga 75% (dengan panjang sekitar
24 untuk bakteria, dan 36 hingga 48 untuk mamalia) adalah baik untuk kebanyakan aplikasi. melampau
spesies serupa (contohnya manusia dan cimpanzi) mendapat manfaat daripada biji yang lebih panjang, lebih berat.

HASH FUNGSI
Fungsi cincang (serta parameter cincang) dijana secara automatik berdasarkan sistem
persekitaran dan urutan input. Pada asasnya terdapat dua jenis fungsi hash
tersedia dalam Murasaki: cincang adaptif dan cryptoraphic. Cincang penyesuaian ialah XOR
gabungan pelbagai anjakan bitwise benih direka bentuk dengan menganalisis jarak benih
pola untuk memaksimumkan entropi cincang yang terhasil. Hash kriptografi tersedia
melalui perpustakaan CryptoPP dan gunakan keseluruhan corak biji jarak untuk menghasilkan cincang menggunakan
salah satu cincang kriptografi biasa seperti MD5 atau SHA-1. Fungsi cincang penyesuaian ialah
hampir selalu lebih pantas dan lebih cekap daripada MD5 dan SHA-1, tetapi kriptografi
fungsi tersedia untuk rujukan dan mungkin berguna sebagai alternatif dalam keadaan yang tidak mungkin
peristiwa yang anda berurusan dengan persekitaran di mana penggodam penyesuaian tidak sesuai (untuk
contoh urutan yang hanya terdiri daripada A dan T (meninggalkan 1 daripada setiap 2 bit disatukan)).

MEMORY PENSKORAN
Murasaki boleh mengambil banyak ingatan. Menyimpan lokasi setiap benih dalam jadual cincang adalah
bahagian operasi yang paling mahal, memerlukan lebih kurang "ceil(log_2(N))" bit setiap
benih dengan "N" ialah jumlah panjang jujukan. Lokasi, secara lalai, disimpan dalam a
format bitpacked untuk mendekati minimum teori. Elemen kedua paling mahal ialah
struktur jadual hash, di mana setiap baldi membawa overhed kecil dan tidak digunakan adalah semata-mata
ruang terbuang. Lebih banyak baldi jadual cincang (iaitu jadual cincang yang lebih panjang) mengurangkan jangkaan
bilangan perlanggaran, yang membawa kepada masa pelaksanaan yang lebih cepat. Oleh itu Murasaki cuba menggunakan
sebanyak mungkin baldi dengan memeriksa memori sistem yang ada dan menggunakan sebanyak mungkin
ia boleh sementara masih menyimpan semua lokasi benih. Jika penskalaan automatik ini adalah
tidak berkesan, menetapkan saiz jadual hash terus melalui pilihan --hashbits|-b boleh memaksa
saiz jadual cincang tertentu. Jika ingatan satu komputer tidak mencukupi untuk menyimpan
jadual cincang yang diingini, PARALLELIZATION boleh digunakan untuk mengedarkan jadual cincang ke seluruh
berbilang komputer.

PENYELARAAN
Murasaki direka untuk berjalan secara selari menggunakan MPI. Rujuk dokumentasi untuk
variasi khusus pelaksanaan MPI anda, namun secara umum kaedah pelaksanaan
kelihatan seperti:

mpirun [Pilihan MPI] murasaki [pilihan murasaki] -p[corak] [seq1 ...]

Murasaki secara selari membahagikan bilangan pemproses yang tersedia (NP) kepada dua kumpulan:
nod hasher dan nod storan. Nod storan membahagikan jadual cincang antara setiap satu
sendiri, masing-masing bertanggungjawab untuk bahagian meja yang berbeza. Pembahagian nod Hasher
jujukan input di antara mereka sendiri, masing-masing mencincang bahagian input yang berasingan
urutan, dan menghantar lokasi benih ke nod simpanan yang sesuai untuk penyimpanan. Bila
semua nod pencincang telah selesai dicincang, nod storan mengimbas bahagian cincang mereka
jadual dan hantar set padanan benih ke nod penggodam tempat ia dipasang
sauh dan dipanjangkan. Akhirnya semua nod penggodam menggabungkan set penambat bebas mereka
ke dalam satu set akhir dalam lelaran "ceil(log_2(H))" (dengan "H" ialah bilangan penggodam
nod), dengan setiap nod hasher nombor 2h menghantar sauhnya ke nombor hasher 2h-1 pada setiap
lelaran.

Kerana hampir tiada langkah selari memerlukan komunikasi antara semua nod,
dan setiap biji dan setiap sauh boleh diproses secara selari, skala Murasaki sangat baik
selari, berjalan kira-kira dua kali lebih pantas apabila dua kali lebih banyak nod tersedia.
Tambahan pula, jadual cincang dikembangkan secara automatik untuk memanfaatkan gabungan tersebut
ingatan daripada pelbagai mesin.

PILIHAN


Kebanyakan pilihan boleh ditentukan dalam bentuk panjangnya (cth "--directory out" atau
"--directory=out") atau bentuk pendek (cth "-dout"). Pilihan yang ditandai dengan jangkakan rentetan,
integer, apungan, dan nilai boolean ("yes/on/true/1" untuk true,
"no/off/false/0" untuk false). Kebanyakan boolean boleh meninggalkan nilai, menogol nilai daripada
apa pun ia adalah sebaliknya.

Murasaki mempunyai banyak pilihan. Di sini kami telah memisahkan mereka ke dalam kategori untuk membantu
membezakan skop pelbagai pilihan, namun dalam situasi tertentu pilihan tertentu
pilihan mungkin mempunyai akibat yang diramalkan, dan sudah tentu akhirnya jika output yang ditentukan
is besar, masa jalan yang diperlukan semestinya lama. Ia adalah satu kesilapan untuk berfikir begitu
segala-galanya di luar "pilihan penalaan" dalam bahagian Prestasi tidak mempunyai kaitan
prestasi.

Anchor parameter berkaitan pilihan
Pilihan ini membentuk apa yang dianggap sebagai "sauh".

--corak|-p
menentukan corak benih (cth. 11101001010011011). menggunakan format
C<[ : ]> secara automatik menjana corak rawak berat
dan panjang

--repeatmask|-r
Langkau data bertopeng ulangan (iaitu: huruf kecil atgc). Ambil perhatian bahawa beberapa fail urutan adalah
diedarkan semata-mata dalam huruf kecil.

--penapis benih|-f
Langkau benih yang berlaku lebih daripada N kali. Sangat perlahan. Lihat --hashfilter untuk a
penghampiran yang lebih cepat.

--penapis hash|-m
Suka --seedfilter tetapi berfungsi pada kunci cincang dan bukannya benih. Boleh menyebabkan beberapa cagaran
merosakkan benih yang sebaliknya unik, tetapi ia lebih cepat.

--skipfwd|-F
Jangan cincang/padankan helai ke hadapan.

--skiprev|-R
Jangan cincang/padankan helai pelengkap terbalik.

--skip1to1|-1
Langkau perlawanan sepanjang garisan 1:1 (baik untuk membandingkan dengan diri sendiri).

--hashonly|-Q
Hash Sahaja. Tiada keluaran sauh, hanya statistik.

--hashskip|-S
Hashes setiap n asas. Lalai ialah 1 (iaitu mencincang semua kedudukan). Tidak membekalkan apa-apa
hujah menambah jumlah langkau sebanyak 1.

--sertai|-j
Sertai sauh dalam n pangkalan antara satu sama lain (lalai: 0). Menentukan D negatif bermakna
-D*patternPanjang.

--bitskor|-B
togol pengiraan skor bit untuk semua sauh (lalai dihidupkan).

--seedterms|-T
togol pengekalan istilah benih (lalai kepada mati). Ini adalah perlu untuk pengkomputeran
markah TF-IDF).

--sectime|-e
Sentiasa paparkan masa dalam beberapa saat berbanding gaya "1h 3j 45m 5s" yang boleh dibaca manusia
kali.

--mergefilter|-Y
Tapis padanan yang akan menyebabkan lebih daripada D banyak sauh yang akan dijana
daripada 1 biji (lalai -Y100). Gunakan -Y0 untuk melumpuhkan.

--penapis skor
Tetapkan skor minimum yang tidak dapat diambil untuk benih.

--pecah|-/
Benarkan sauh melangkau urutan D (lalai 0).

--pulau|-%
Sama seperti --rifts=SD (di mana S ialah bilangan seq input).

--fuzzyextend|-z
Dayakan (lalai) atau lumpuhkan sambungan kabur (iaitu penjajaran tidak terpasang) penambat.

--fuzzyextendlosslimit|-Z
Tetapkan cutoff untuk berhenti melanjutkan hits kabur (iaitu parameter BLAST X).

--gappedanchors
Gunakan sauh bergap (benar) atau tidak bergap (palsu (lalai).

--skor dengansekurang-kurangnya
Lakukan pemarkahan sauh mengikut pasangan minimum apabila sesuai (lalai). Alternatif ialah
min aritmatik (jarang berguna, tetapi secara teorinya lebih cepat). =item --pecah|-/

Benarkan sauh melangkau urutan D (lalai 0).

--pulau|-%
Sama seperti --rifts=SD (di mana S ialah bilangan seq input).

--fuzzyextend|-z
Dayakan (lalai) atau lumpuhkan sambungan kabur (iaitu penjajaran tidak terpasang) penambat.

--fuzzyextendlosslimit|-Z
Tetapkan cutoff untuk berhenti melanjutkan hits kabur (iaitu parameter BLAST X).

--gappedanchors
Gunakan sauh bergap (benar) atau tidak bergap (palsu (lalai).

--skor dengansekurang-kurangnya
Lakukan pemarkahan sauh mengikut pasangan minimum apabila sesuai (lalai). Alternatif ialah
min aritmatik (jarang berguna, tetapi secara teorinya lebih cepat).

Output pilihan
Pilihan ini terutamanya mempengaruhi data yang dikeluarkan di mana.

--direktori|-d
direktori output (lalai: output)

--nama|-n
nama penjajaran (lalai: ujian)

--repeatmap|-i
Togol penyimpanan peta ulangan apabila --mergefilter digunakan (lalai kepada ya).

--histogram|-H
Tahap pengiraan histogram: (-H sahaja membayangkan -H1)

0 - tiada histogram (lalai)
1 - data histogram saiz baldi/bilangan baldi asas
2 - markah berasaskan baldi kepada sauh.detil
3 - data kiraan perbucket
4 - data kiraan perbucket + perpattern

Mana-mana nilai di atas 2 adalah penerokaan semata-mata dan boleh menghasilkan fail keluaran besar-besaran.

--tfidf|-k
Lakukan pemarkahan tfidf yang tepat dari dalam murasaki (memerlukan memori tambahan pada sauh
masa generasi). Lalai ialah tidak.

Persembahan/penalaan pilihan
Pilihan ini mempengaruhi prestasi terutamanya dan tidak (secara umum) memberi kesan kepada output.

--quickhash|-q
tentukan fungsi pencincangan:

0 - adaptif dengan S-boxes (lalai apabila terdapat banyak jadual cincang yang perlu disediakan)
1 - jangan bungkus bit untuk membuat cincang (gunakan perkataan pertama sahaja)
2 - gunakan corak cincang pertama secara naif
3 - menyesuaikan diri mencari cincang yang baik (lalai)
**cincang CryptoPP eksperimen**
4 - MD5
5 - SHA1
6 - Kolam pusaran air
7 - CRC-32
8 - Adler-32

Nota: 3 dan 0 ialah satu-satunya fungsi cincang "disyorkan" dan satu-satunya fungsi cincang
dipilih secara automatik. Yang lain disediakan hanya untuk rujukan. 1, 7, dan 8
bahkan tidak dijangka menggunakan keseluruhan ruang cincang.

--hashbits|-b
gunakan cincang bit D (untuk n daripada 1 kepada WORDSIZE. lalai 26)

--jenis hash|-t
pilih struktur data jadual hash untuk digunakan:

OpenHash - buka pembungkusan sub-perkataan bagi hashbits (lalai apabila terdapat banyak cincangan
meja untuk ganti)
EcoHash - pembungkusan subperkataan berantai bagi hashbits (lalai)
ArrayHash - malloc/realloc (cepat tetapi terdedah kepada pemecahan)
MSetHash - memori terlalu tinggi, hampir tidak berguna.
--menyiasat
0 - linear, 1 - kuadratik (lalai). Hanya terpakai untuk --hashtype=OpenHash.

--hitfilter|-h
Bilangan minimum hits untuk dikeluarkan sebagai sauh (lalai 1). Dalam PatternHunter ini
adalah 2.

--rseed|-s
Benih nombor rawak untuk algoritma bukan penentu (iaitu: fungsi cincang adatif
generasi). Jika anda melakukan apa-apa perbandingan prestasi, ia mungkin penting
bahawa anda menggunakan benih yang sama untuk setiap larian tetapan yang sama. Lalai diperolehi
dari masa() (iaitu: saat sejak 1970).

--memori|-M [ | ]
Tetapkan jumlah sasaran jumlah memori (sama ada dalam gb atau sebagai % jumlah memori).

--reverseotf|-o
Hasilkan pelengkap terbalik dengan cepat (lalai kepada hidup). Mematikan ini prakiraan
semua helai pelengkap terbalik dan menyimpannya dalam ingatan, yang jarang memberikan a
peningkatan prestasi yang boleh diukur.

--binaryseq
Dayakan (lalai) atau lumpuhkan urutan binari baca/tulis

Adaptive hash fungsi Berkaitan:

Pilihan prestasi yang berkaitan dengan penjanaan fungsi cincang adaptif.

--hasherFairEntropy
Gunakan anggaran entropi yang lebih seimbang (lalai: ya).

--hasherCorrelationAdjust
Laraskan anggaran entropi untuk sumber berdekatan dengan mengandaikan beberapa korelasi (lalai: ya).

--hasherTargetGACycles
Potongan kitaran algoritma genetik penjanaan fungsi hash adaptif.

--hasherEntropyAgro
Betapa agresifnya untuk mengejar fungsi cincang entropi maksimum (mengambil masa sebenar.
lalai ialah 1).

lampu Khususnya:
--hashers|-A [ | ]
Nyatakan bilangan proses yang akan digunakan sebagai pencincang (hanya digunakan untuk MPI. Jika a
nombor antara 0 dan 1 ia merujuk kepada nisbah np).

--localhash|-K
Lakukan pencincangan secara setempat pada setiap nod storan dan bukannya menghantarnya melalui rangkaian
(membantu untuk rangkaian perlahan).

--mpidistro|-L
Togol penggunaan MPI untuk mengedarkan data jujukan ke atas (jika jujukan tersedia pada
cakera setempat pada setiap nod kemudian mematikan ini mungkin berpotensi mempercepatkan permulaan
pemuatan urutan).

--waittoanchor|-w
Tangguhkan pengiraan sauh sebenar sehingga semua set lokasi telah diterima (seperti
menentang cuba bekerja antara menerima paket benih).

--penampan|-u
Bilangan maksimum penimbal yang belum selesai untuk dibenarkan semasa menghantar mesej (0 bermakna
tidak terhad). Lalai ditetapkan berdasarkan bilangan nod yang mengambil bahagian. MPI boleh ranap
atau membuat persembahan sangat buruk jika nilai ini terlalu tinggi.

--nobuffers|-U
Sama seperti --buffers=1.

--bigfirst|-Saya
Tetapkan pencincang kepada nod memori yang besar dahulu.

--hostbalance|-l
Jika ya (lalai): sebarkan pencincang secara sama rata di antara semua nod.
Jika tidak: abaikan nama hos semasa memberikan kerja.
--imbangan ingatan|-a
Jika ya (lalai): seimbangkan storan cincang antara nod berdasarkan jumlah yang tersedia
Ram.
Jika tidak: edarkan storan secara serentak. Ini lebih berkemungkinan untuk mencapai masa larian yang optimum, tetapi
mungkin tidak menggunakan memori dengan cekap.
--distmerge|-<
jika ya (lalai): semasa langkah gabungan, nod storan menghantar benih ke mana-mana yang tersedia
penggodam.
jika tidak: hantar semua benih ke satu nod sahaja.
--distcollect|->
jika ya (lalai): kumpulkan data sauh daripada semua penggodam.
jika tidak: hantar semua benih ke nod pemasangan akhir sahaja.
--mpiredirectoutput
jika ya (lalai): setiap pangkat mengubah hala stdout/stderrnya ke fail berasingan
(murasaki-mpiout-N).
jika tidak: lakukan apa yang datang secara semula jadi (iaitu: diuruskan oleh mpirun (untuk OpenMPI lihat
--output-filename dan --tag-output in mpirun(1))).
--keepstdoe
Jangan padamkan fail murasaki-mpiout tentang kejayaan.

--sysvipc|-V
Gunakan Sistem V IPC untuk merundingkan kawasan memori yang dikongsi (menjimatkan memori apabila satu hos dijalankan
berbilang nod). Lalai adalah benar.

Sejagat pilihan yang berikut:
--verbose|-v
Meningkatkan verbositi.

--versi|-V
Mencetak maklumat versi dan berhenti.

--bantuan|-?
Mencetak mesej bantuan dan berhenti.

FAIL FORMATS


Murasaki mempunyai pelbagai jenis fail output, format yang kebanyakannya bertujuan untuk menjadi
intuitif. Semua fail output diawali dengan nilai parameter --name. Yang utama
format fail output diterangkan di sini. Fail adalah berasaskan baris dan tab dibataskan melainkan
dinyatakan sebaliknya.

.seqs
.seqs menunjukkan jujukan yang digunakan sebagai input, 1 setiap baris. Fail ini digunakan oleh
pelbagai atur cara bersama-sama dengan fail .anchors, jadi secara amnya adalah penting
kandungan mencerminkan fail urutan yang betul. Memindahkan hasil sauh antara komputer
mungkin mengakibatkan pertukaran laluan, memerlukan pengguna mengemas kini fail .seqs. Sebagai sebuah
alternatif, sentiasa menggunakan laluan relatif boleh mengurangkan masalah ini.

.sauh fail
Fail ini adalah 1 sauh setiap baris, dengan 3-tuple setiap jujukan. Setiap pasangan mewakili
koordinat mula dan henti serta untaian selang berlabuh pada setiap jujukan. The
susunan jujukan sepadan dengan susunan dalam fail .seqs. Koordinat adalah berstruktur
sehingga 1 merujuk kepada asas pertama dalam jujukan, 2 kepada yang kedua, dsb. Negatif
nilai merujuk kepada urutan pelengkap terbalik di mana -1 ialah lepas asas terbalik
jujukan pelengkap (iaitu: asas pertama pelengkap dalam jujukan hadapan). "helai"
elemen ialah '+' atau '-' yang hanya sepadan dengan tanda koordinat (ini berlebihan
maklumat, tetapi disimpan untuk membuat penghuraian atau penapisan lebih mudah).

Sebagai contoh:

1 18 + -1 -18 -

Baris ini menerangkan sauh di mana 18 asas pertama jujukan pertama sepadan dengan
18 asas pertama bagi pelengkap songsang bagi urutan kedua.

.sauh.perincian
Ini ialah format fail lama, tetapi digunakan oleh GMV untuk mengira statistik seperti TF-IDF
markah, dan telah disimpan untuk sebab itu. Fail .anchors.details mempunyai yang sama
format dan maklumat sebagai fail .anchors, namun selepas toups anchor ada dua lagi
istilah: skor, dan koma (,) senarai pasangan istilah dan kiraan yang dibataskan (ditulis
"term:count"). Data skor dan kiraan mungkin berbeza-beza bergantung pada "--histogram"
pilihan pilihan.

.anchors.bitskor
Istilah "bitscore" di sini adalah nama yang salah, tetapi dikekalkan atas sebab sejarah. Dalam realiti,
fail ini mengandungi purata bilangan tapak yang sepadan dan panjang setiap sauh
(baris demi baris yang sepadan dengan fail .anchors).

.stats.tfidf
Mengandungi skor TF-IDF sauh (sepadan baris demi baris dengan fail .anchors).

.histogram
Mengandungi histogram ringkas penggunaan jadual cincang. Medan pertama ialah saiz baldi,
dan yang kedua ialah kekerapan. Contohnya fail .histogram seperti ini:

1 24
2 1

Akan menunjukkan bahawa terdapat 24 baldi cincang yang menyimpan hanya 1 lokasi (iaitu 24 unik
benih), dan 1 baldi cincang disimpan 2 lokasi (iaitu 1 biji yang sepadan dengan 2 lokasi (atau 2
benih tidak sepadan yang mengakibatkan perlanggaran cincang)).

.pilihan
Mengekalkan rekod pilihan yang digunakan semasa menjalankan Murasaki.

.berulang
Fail .repeats menyimpan rekod "repeats" seperti yang ditakrifkan oleh pilihan --mergefilter
(iaitu benih yang akan menyebabkan lebih banyak sauh daripada yang dibenarkan). Dalam fail ini, setiap
rekod ulangan dipisahkan oleh baris kosong. Rekod ulangan kelihatan seperti ini:

R: G.GCCTTT.T.ACT.CACAA..AT
0: 2145540494 -425039256 -113794380 1998323403
1: 2480929222 -1874514626 2543723555 -2550045172

Baris pertama (sentiasa diawali "R:") menunjukkan benih berulang itu sendiri (di mana . ialah
asas bertopeng oleh corak). Garisan seterusnya menunjukkan di mana benih ini berlaku di
jujukan input (dalam jujukan pertama (0) dan kedua (1). Perhatikan bahawa jika tiada
hits dalam urutan tertentu, ia tidak termasuk baris kosong untuk jujukan itu. Untuk
contoh:

R: G.GCCTTT.T.ACT.CACAA..AT
0: 2145540494 -425039256 -113794380 1998323403
2: 2480929222 -1874514626 2543723555 -2550045172

juga merupakan fail .repeats yang sah.

Gunakan murasaki-mpi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net


Pelayan & Stesen Kerja Percuma

Muat turun apl Windows & Linux

  • 1
    Pengurus PAC
    Pengurus PAC
    PAC ialah pengganti Perl/GTK untuk
    SecureCRT/Putty/etc (linux
    ssh/telnet/... gui)... Ia menyediakan GUI
    untuk mengkonfigurasi sambungan: pengguna,
    kata laluan, EXPECT peraturan...
    Muat turun Pengurus PAC
  • 2
    GeoServer
    GeoServer
    GeoServer ialah perisian sumber terbuka
    pelayan yang ditulis dalam Java yang membolehkan pengguna
    untuk berkongsi dan mengedit data geospatial.
    Direka untuk saling kendali, ia
    menerbitkan da...
    Muat turun GeoServer
  • 3
    Kelip-kelip III
    Kelip-kelip III
    Kewangan peribadi percuma dan sumber terbuka
    pengurus. Ciri-ciri Firefly III a
    sistem simpan kira dua kali. Awak boleh
    cepat masuk dan atur anda
    transaksi i...
    Muat turun Firefly III
  • 4
    Sambungan Apache OpenOffice
    Sambungan Apache OpenOffice
    Katalog rasmi Apache
    Sambungan OpenOffice. Anda akan dapati
    sambungan daripada kamus hingga
    alatan untuk mengimport fail PDF dan untuk menyambung
    dengan ext...
    Muat turun Apache OpenOffice Extensions
  • 5
    MantisBT
    MantisBT
    Mantis ialah web yang boleh digunakan dengan mudah
    penjejak pepijat berasaskan untuk membantu pepijat produk
    Penjejakan. Ia memerlukan PHP, MySQL dan a
    pelayan web. Lihat demo kami dan dihoskan
    menawarkan...
    Muat turun MantisBT
  • 6
    Pengutus LAN
    Pengutus LAN
    LAN Messenger ialah aplikasi sembang p2p
    untuk komunikasi intranet dan tidak
    memerlukan pelayan. Pelbagai berguna
    ciri disokong termasuk
    makluman ...
    Muat turun Pengutus LAN
  • Lebih »

Arahan Linux

  • 1
    abidw
    abidw
    abidw - sirikan ABI seorang ELF
    fail abidw membaca perpustakaan kongsi dalam ELF
    memformat dan mengeluarkan perwakilan XML
    ABI kepada output standard. The
    dipancarkan...
    Lari abidw
  • 2
    mampan
    mampan
    abilint - mengesahkan ABI abigail
    representasi abilint menghuraikan asli
    Perwakilan XML bagi ABI seperti yang dipancarkan
    oleh abidw. Sebaik sahaja ia telah menghuraikan XML
    mendakwa ...
    Lari abilin
  • 3
    coresendmsg
    coresendmsg
    coresendmsg - hantar mesej CORE API
    kepada daemon daemon teras ...
    Jalankan coresendmsg
  • 4
    pelayan_teras
    pelayan_teras
    core_server - Pelayan utama untuk
    SpamBayes. PENERANGAN: Sedang berkhidmat
    antara muka web sahaja. Memasukkan masuk
    pendengar untuk pelbagai protokol ialah TBD.
    Ini ...
    Jalankan core_server
  • 5
    fwflash
    fwflash
    fwflash - program untuk memancarkan fail imej
    ke peranti NXT yang disambungkan ...
    Jalankan fwflash
  • 6
    fwts-collect
    fwts-collect
    fwts-collect - kumpulkan log untuk fwts
    pelaporan pepijat. ...
    Jalankan fwts-collect
  • Lebih »

Ad