Ini ialah arahan NDist yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
AmpliconNoise - keluarkan hingar daripada data jujukan nukleotida throughput tinggi
VERSION
Dokumentasi ini merujuk kepada versi 1.22
SINOPSIS
Lihat /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz untuk perincian cara menjalankan.
DESCRIPTION
Alat berikut disertakan. Kebanyakan mereka mempunyai setara MPI, sebagai contoh
SeqNoise mempunyai SeqNoiseM yang setara yang boleh digunakan dengan mpirun.
FastaUnique - menyahduplikasi fail fasta
-dalam nama fail input rentetan
Pilihan:
FCluster
-dalam nama fail input jarak rentetan
-keluar rentetan output stub fail
Pilihan:
-r resolusi
-kaitan purata
-w gunakan pemberat
-saya membaca pengecam
-s skala dist.
NDist - matriks jarak jujukan Needleman-Wunsch berpasangan daripada fail fasta
-dalam rentetan nama fail fata
Pilihan:
-i pengecam keluaran
Perseus - membunuh raksasa
-sin string nama fail seq
Pilihan:
-fail urutan rujukan rentetan timah
-a penjajaran output
-d menggunakan ketidakseimbangan
nama fail carian rentetan -rin
PyroDist - matriks jarak berpasangan daripada graf alir
-dalam nama fail aliran rentetan
-keluar stub keluar stub fail
Pilihan:
-ni tiada indeks dalam fail dat
nama fail carian rentetan -rin
PyroNoise - gugusan flowgram tanpa penjajaran
nama fail aliran rentetan -din
nama fail input kelompok rentetan -out
-lin string fail senarai
Pilihan:
-v bertele-tele
-c pemotongan awal berganda
-ni tiada indeks dalam fail dat
-s berketepatan ganda
-rin nama fail carian fail
SeqDist - matriks jarak berpasangan daripada fail fasta
-dalam rentetan nama fail fasta
Pilihan:
-i pengecam keluaran
nama fail carian rentetan -rin
SeqNoise - urutan kelompok
-dalam nama fail urutan rentetan
nama fail matriks jarak rentetan -din
nama fail input kelompok rentetan -out
-lin string fail senarai
Pilihan:
-min fail pemetaan
-v bertele-tele
-c pemotongan awal berganda
-s berketepatan ganda
nama fail carian rentetan -rin
SplitClusterEven
-din string dat nama fail
-min nama fail peta rentetan
-nama fail pokok rentetan timah
-s saiz belah
-m min saiz
Gunakan NDist dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
