berebut - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

perebutan - Menukar antara format fail SAM, BAM dan CRAM.

SINOPSIS

perebutan [pilihan] [input_file [fail keluaran]]

DESCRIPTION

perebutan menukar antara pelbagai format fail penjajaran penjujukan gen seterusnya, termasuk
SAM, BAM dan CRAM. Ia boleh bertindak sama ada sebagai paip membaca stdin dan menulis kepada stdout, atau teruskan
fail bernama.

Apabila beroperasi sebagai paip jenis input lalai kepada SAM atau BAM, memerlukan -I engkol
pilihan untuk menunjukkan input dalam format CRAM adalah sesuai. Keluaran lalai kepada BAM, tetapi
boleh dilaraskan dengan menggunakan -O format pilihan. Apabila diberi nama fail jenis fail ialah
dipilih secara automatik berdasarkan akhiran nama fail.

PILIHAN

-I format
Memilih format input, di mana format adalah salah satu daripada sam, bam atau cram. Gunakan ini apabila
membaca melalui paip untuk mengelakkan bait input digunakan semasa cuba mengesan jika
input adalah dalam format SAM atau BAM.

-O format
Memilih format output, di mana format adalah salah satu daripada sam, bam atau cram.

-1 kepada -9
Menetapkan tahap mampatan daripada 1 (mampatan rendah, cepat) kepada 9 (mampatan tinggi,
lambat) apabila menulis dalam format BAM atau CRAM. Ini hanya digunakan semasa menulis.

-0 or -u
Menulis data tidak dimampatkan. Dalam BAM ini masih menggunakan bekas BGZF, tetapi tanpa
pemampatan dalaman. Dalam CRAM ia menyimpan blok dalam format RAW sebaliknya. Pilihannya
tidak mempunyai kesan ke atas output SAM.

-j Pengekodan CRAM sahaja. Tambahkan bzip2 pada senarai kod mampatan yang berpotensi digunakan
semasa penciptaan CRAM.

-Z Pengekodan CRAM sahaja. Tambahkan lzma pada senarai kod mampatan yang berpotensi digunakan
semasa penciptaan CRAM. Memandangkan kelajuan mampatan perlahan lzma, ini mungkin sahaja
digunakan di mana ia memberikan kelebihan yang ketara berbanding zlib atau bzip2, tetapi dengan yang lebih tinggi
tahap mampatan (-7) pemberat ini diabaikan kerana kelajuan penyahmampatan LZMA adalah
boleh diterima, walaupun masih lebih perlahan daripada zlib.

-m Penyahkodan CRAM sahaja. Hasilkan MD:Z: dan NM:I: medan bantu berdasarkan
mampatan berasaskan rujukan.

-M Pengekodan CRAM sahaja. Pek secara paksa urutan daripada berbilang rujukan ke dalam yang sama
hirisan. Biasanya CRAM akan memulakan kepingan baharu apabila menukar daripada satu rujukan kepada
yang lain, tetapi masih akan bertukar secara automatik kepada kepingan berbilang rujukan jika
bilangan urutan setiap keping menjadi terlalu kecil.

-R pelbagai
Pada masa ini untuk input CRAM sahaja, tetapi sokongan SAM/BAM belum selesai. Ini menunjukkan a
nama jujukan rujukan dan secara pilihan lokasi mula dan tamat di dalamnya
rujukan, menggunakan sintaks nama_ref or nama_ref:permulaan-akhir. Untuk operasi yang cekap
fail CRAM memerlukan indeks format .crai (dibina menggunakan cram_index program).

-r ref.fa
Pengekodan CRAM sahaja. Gunakan ini untuk menentukan fail fasta rujukan. Perhatikan bahawa jika
input fail SAM atau BAM a fail: atau URI berasaskan sistem fail tempatan yang dinyatakan dalam
@SQ tajuk maka pilihan ini mungkin tidak diperlukan.

-s nombor
Pengekodan CRAM sahaja. Menentukan bilangan jujukan setiap keping. Lalai kepada
10000.

-S nombor
Pengekodan CRAM sahaja. Menentukan bilangan hirisan setiap bekas. Lalai kepada 1.

-t BAM dan CRAM sahaja. Menentukan bilangan benang mampatan atau penyahmampatan,
secara adaptif dikongsi antara pengekodan dan penyahkodan. Lalai kepada 1 (no
benang).

-V rentetan_versi
Pengekodan CRAM sahaja. Menetapkan versi format fail CRAM. Nilai yang disokong ialah "2.0",
"2.1" dan "3.0".

-e Pengekodan CRAM sahaja. Benamkan coretan jujukan rujukan dalam setiap kepingan. ini
bermakna fail boleh dinyahkod tanpa perlu menentukan fail fasta rujukan.

-x Pengekodan CRAM sahaja. Tinggalkan pemampatan berasaskan rujukan dan sebaliknya simpan butiran
setiap kata kerja asas.

-B Eksperimen, pengekodan sahaja. Apabila menyimpan nilai kualiti, bin menjadi 8 diskret
nilai (tambah 0), seperti yang biasa digunakan oleh instrumen Illumina moden. (Perhatikan bahawa
tong sampah mungkin tidak mempunyai julat yang sama.)

-! CRAM v3.0 dan ke atas penyahkodan sahaja. Jangan semak CRC. Pilihan ini sepatutnya
digunakan apabila cuba memulihkan daripada kerosakan data.

CONTOH

Untuk menukar fail BAM daripada stdin kepada CRAM pada stdout, menggunakan rujukan MT.fa.

some_command | berebut -I bam -O cram -r MT.fa | some_command

Format output CRAM lalai ialah versi 3.0, jadi tiada versi perlu dinyatakan bila
menukar daripada 2.1 kepada 3.0. Untuk melaksanakan penggunaan terbalik:

berebut -V 2.1 in.cram out.cram

Gunakan scramble dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net