Ini ialah perintah scrm yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
scrm - Simulator penggabung yang tepat untuk jujukan skala genom
SINOPSIS
scrm namp nloci [-hvL] [-r rec L [-l l] [-sr b rec]... ] [-I npop s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]]... [-M M] [-eM t M]... [-m i j M] [-em t i j M]... [-mak M11 M21 ... Mnn]
[-ema t M11 M21 ... Mnn]... [-es t i p]... [-ej t i j]...] [-n i n] [-paling t i n]...
[-eN t i n]... [-g i a] [-cth t i a]... [-G t a] [-cth t a]... [-t theta [-oSFS] [-st b
theta]... ] [-benih benih [benih2 benih3]] [-p digit]
DESCRIPTION
scrm is a berpadu simulator khususnya biologi urutan. Berbeza kepada serupa program, ia
boleh menganggarkan Graf Penggabungan Semula Leluhur dengan ketepatan sewenang-wenangnya. Ini membenarkan
anda untuk mensimulasikan jujukan yang panjang dengan pantas dengan kaitan genetik yang pada asasnya betul antara
laman.
PILIHAN
penggabungan semula:
-r R L Tetapkan kadar penggabungan semula kepada R dan panjang lokus kepada L.
-sr p R
Tukar kadar penggabungan semula R pada kedudukan jujukan p.
-l l Tetapkan anggaran panjang tetingkap kepada l.
Berdekatan NCER Struktur:
-I npop s1 ... sn [M]
Gunakan model pulau dengan populasi npop,
di mana s1 hingga sn individu dijadikan sampel setiap populasi. Secara pilihan anggap a
kadar migrasi simetri M.
-eI t s1 ... sn [M]
Sampel s1 hingga sn individu daripada mereka
populasi yang sepadan pada masa t.
-M M Andaikan kadar migrasi simetri M/(npop-1).
-eM t M
Tukar kadar migrasi simetri kepada M/(npop-1) pada masa t.
-m i j M
Tetapkan kadar migrasi dari populasi j ke populasi i ke M
-em t i j M
Tetapkan kadar migrasi daripada populasi j ke
populasi i hingga M pada masa t.
-mak M11 M21 ...
Menetapkan matriks migrasi (ke belakang).
-ema t M11 M21 ...
Menukar matriks migrasi pada masa t
-es t i p
Campuran penduduk. Menggantikan sebahagian kecil daripada 1-p populasi i dengan individu a
daripada populasi npop + 1 yang diabaikan selepas itu (ke hadapan dalam masa).
-ej t i j
Acara spesiasi pada masa t. Mencipta populasi j daripada individu populasi i.
Berdekatan NCER Saiz Perubahan:
-n i n Tetapkan saiz populasi sekarang i kepada n*N0.
-paling t i n
Tukar saiz populasi i kepada n*N0 pada masa t.
-eN t n
Tetapkan saiz masa kini semua populasi kepada n*N0.
-g i a Tetapkan kadar pertumbuhan eksponen populasi i kepada a.
-cth t i a
Tukar kadar pertumbuhan eksponen populasi i kepada a pada masa t.
-G a Tetapkan kadar pertumbuhan eksponen semua populasi kepada a.
-cth t a
Tukar kadar pertumbuhan eksponen semua populasi kepada a pada masa t.
Ringkasan Statistik:
-t THETA
Tetapkan kadar mutasi kepada THETA = 4N_0u, dengan u ialah kadar mutasi neutral per
lokus.
-T Cetak salasilah tempatan dalam format newick.
-O Cetak salasilah tempatan dalam format Hutan Berorientasikan.
-L Cetak TMRCA dan panjang pokok tempatan untuk setiap segmen.
-oSFS Cetak spektrum kekerapan tapak. Memerlukan untuk menetapkan kadar mutasi.
-SC [ms|rel|abs]
Penskalaan kedudukan urutan. Sama ada relatif kepada panjang lokus antara 0 dan 1
(rel), mutlak dalam pasangan asas (abs) atau ms-like (ms).
lain-lain:
-benih SEED [BIJI 2 BIJI 3]
Benih rawak untuk digunakan. Mengambil tiga nombor integer.
-v, --versi
Mencetak versi scrm.
-h, - membantu
Mencetak teks ini.
-p digit
Bilangan digit bererti yang digunakan dalam output.
Contoh
Lima bebas tapak khususnya 10 individu menggunakan milik Kingman Berpadu:
scrm 10 5 -t 10
A turutan of 10kb dari 4 individu di bawah yang tepat ARG:
scrm 4 1 -t 10 -r 4 10000
A turutan of 100Mb menggunakan yang SMC' anggaran:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0
Sama as atas, tetapi bersama dasarnya membetulkan hubungan:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000
Gunakan scrm dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
