Ini ialah arahan seqtk yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
seqtk - pensampelan, pemangkasan, fastq2fasta, susulan, pelengkap terbalik
SINOPSIS
seqtk
DESCRIPTION
Pada masa ini, seqtk menyokong pemangkasan berasaskan kualiti dengan algoritma phred, menukar
fastq kepada fasta, membalikkan urutan pelengkap, mengekstrak atau menutup jujukan dalam
wilayah yang diberikan dalam fail senarai BED/nama, dan banyak lagi. Ia mengandungi modul subsampling kepada
sampel tepat n jujukan atau pecahan jujukan.
Seqtk menyokong kedua-dua fail input fasta dan fastq, yang boleh dimampatkan secara gzip.
PERINTAH
Perintah: seq transformasi biasa FASTA/Q
comp dapatkan komposisi nukleotida FASTA/Q
sampel urutan subsampel
subseq ekstrak susulan daripada FASTA/Q
trimfq memangkas FASTQ menggunakan algoritma Phred
hety heterozigositas serantau
mutfa titik mutasi FASTA pada kedudukan yang ditentukan
mergefa
gabungkan dua fail FASTA/Q
randbase
pilih asas rawak daripada hets
potongN urutan potong pada panjang N
listhet
ekstrak kedudukan setiap het
Gunakan seqtk dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
