sortmerna - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

sortmerna - alat untuk menapis, memetakan dan membaca NGS memilih OTU

SINOPSIS

sortmerna --rujuk db.fasta,db.idx --membaca fail.fa --sejajar base_name_output [PILIHAN]

DESCRIPTION

SortMeRNA ialah alat analisis jujukan biologi untuk penapisan, pemetaan dan pemilihan OTU
NGS membaca. Algoritma teras adalah berdasarkan benih anggaran dan membolehkan untuk cepat dan
analisis sensitif jujukan nukleotida. Aplikasi utama SortMeRNA ialah penapisan
rRNA daripada data metatranscriptomic. Aplikasi tambahan termasuk OTU-picking dan
penetapan taksonomi tersedia melalui QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA mengambil sebagai input fail bacaan (format fasta atau fastq) dan satu atau berbilang rRNA
fail pangkalan data, dan menyusun rRNA dan bacaan yang ditolak kepada dua fail yang ditentukan oleh
pengguna. Secara pilihan, ia boleh menyediakan penjajaran tempatan berkualiti tinggi bagi bacaan rRNA terhadap
pangkalan data rRNA. SortMeRNA berfungsi dengan data Illumina, 454, Ion Torrent dan PacBio, dan boleh
menghasilkan penjajaran seperti SAM dan BLAST.

PILIHAN

MANDATORY PILIHAN
--rujuk STRING,STRING
Fail rujukan FASTA, fail indeks
Contoh:
--rujuk /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Jika menghantar berbilang fail jujukan rujukan, pisahkan dengan ':'
Contoh:
--rujuk /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

--membaca TALI
FASTA/FASTQ membaca fail

--sejajar TALI
sejajar membaca laluan fail + nama fail asas (sambungan yang sesuai akan ditambah)

SEMUA ORANG PILIHAN
--lain TALI
ditolak membaca laluan fail + nama fail asas (sambungan yang sesuai akan ditambah)

--fastx BOOL
keluarkan fail FASTA/FASTQ (lalai: mati, untuk bacaan sejajar dan/atau ditolak)

--sam BOOL
keluarkan penjajaran SAM (lalai: dimatikan, untuk bacaan yang dijajarkan sahaja)

--SQ BOOL
tambahkan tag SQ pada fail SAM (lalai: mati)

--letupan INT
penjajaran output dalam pelbagai format seperti Blast
0 - berpasangan
1 - jadual (Letupan -m Format 8)
2 - jadual + lajur untuk CIGAR
3 - lajur + jadual untuk CIGAR dan liputan pertanyaan

--log BOOL
statistik keseluruhan keluaran (lalai: mati)

--num_alignments INT
laporkan penjajaran INT pertama setiap bacaan yang mencapai nilai E (lalai: -1,
--num_alignments 0 menandakan semua penjajaran akan dikeluarkan)

or (lalai)

--terbaik INT
laporkan penjajaran terbaik INT setiap bacaan yang mencapai nilai E (lalai: 1) dengan mencari
--min_lis INT penjajaran calon (--terbaik 0 menandakan semua penjajaran calon
akan dicari)

--min_lis INT
cari semua penjajaran yang mempunyai LIS terpanjang INT pertama (lalai: 2) singkatan LIS
Susulan Bertambah Terpanjang, ia dikira menggunakan kedudukan benih untuk mengembang
mencecah perlawanan yang lebih panjang sebelum penjajaran Smith-Waterman.

--print_all_reads
keluarkan rentetan penjajaran nol untuk bacaan tidak sejajar (lalai: mati) kepada SAM dan/atau
Fail jadual BLAST

--berpasangan BOOL
kedua-dua bacaan hujung berpasangan masuk --sejajar fail fasta/q (lalai: mati, bacaan bersilang
sahaja, lihat Bahagian 4.2.4 Manual Pengguna)

--berpasangan_keluar BOOL
kedua-dua bacaan hujung berpasangan masuk --lain fail fasta/q (lalai: mati, bacaan bersilang
sahaja, lihat Bahagian 4.2.4 Manual Pengguna)

--perlawanan INT
Skor SW (integer positif) untuk perlawanan (lalai: 2)

--tidak sepadan INT
Penalti SW (integer negatif) untuk ketidakpadanan (lalai: -3)

--gap_open INT
Penalti SW (integer positif) kerana memperkenalkan jurang (lalai: 5)

--gap_ext INT
Penalti SW (integer positif) kerana memanjangkan jurang (lalai: 2)

-N INT Penalti SW untuk huruf samar-samar (N) (lalai: dijaringkan sebagai --tidak sepadan)

-F BOOL
cari hanya helai hadapan (lalai: mati)

-R BOOL
cari hanya untaian pelengkap songsang (lalai: mati)

-a INT bilangan utas untuk digunakan (lalai: 1)

-e DOUBLE
Ambang nilai E (lalai: 1)

-m INT INT Mbytes untuk memuatkan bacaan ke dalam memori (lalai: 1024, maksimum -m INT ialah
5872)

-v BOOL
verbose (lalai: mati)

OTU MENGGAMBAR PILIHAN
--ID DOUBLE
%id ambang persamaan (penjajaran masih mesti melepasi ambang E-nilai,
lalai: 0.97)

--liputan DOUBLE
%ambang liputan pertanyaan (penjajaran masih mesti melepasi ambang nilai E,
lalai: 0.97)

--de_novo_otu BOOL
Fail FASTA/FASTQ untuk membaca padanan pangkalan data < %id
(tetapkan menggunakan --ID) dan < %cov (tetapkan menggunakan --liputan)
(penjajaran masih mesti melepasi ambang nilai E, lalai: mati)

--otu_map BOOL
peta OTU keluaran (input ke make_otu_table.py QIIME, lalai: dimatikan)

ADVANCED PILIHAN
lihat manual pengguna SortMeRNA untuk butiran lanjut

--lulus INT
tiga selang untuk meletakkan benih pada bacaan (L ialah panjang benih yang ditetapkan
indexdb_rna(1), lalai: L,L/2,3)

--tepi INT
nombor (atau peratus jika INT diikuti dengan % tanda) nukleotida untuk ditambah pada setiap tepi
bacaan sebelum penjajaran setempat SW (lalai: 4)

--bilangan_biji INT
bilangan benih dipadankan sebelum mencari calon LIS (lalai: 2)

--penuh_carian BOOL
cari semua padanan benih 0-ralat dan 1-ralat dalam indeks daripada berhenti
selepas menemui padanan ralat 0 (pertambahan sensitiviti <1% dengan penurunan empat kali ganda
dalam kelajuan, lalai: mati)

--pid BOOL
tambah pid pada nama fail output (lalai: mati)

-h BOOL
membantu

--versi BOOL
Nombor versi SortMeRNA

Gunakan sortmerna dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net