Ini ialah perintah subread-align yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
subread-align - penjajaran yang tepat dan cekap untuk memetakan kedua-dua bacaan DNA-seq genomik
dan bacaan RNA-seq (untuk tujuan analisis ekspresi)
PENGGUNAAN
subread-align [pilihan] -i -r -o -t
Hujah yang diperlukan:
-i
Nama asas indeks.
-r
Nama fail input. Format input termasuk gzipped fastq, fastq dan fasta can
dikesan secara automatik. Jika berpasangan-akhir, ini harus memberikan nama fail
termasuk bacaan pertama.
-t
Jenis data penjujukan input. Nilainya termasuk 0: RNA-seq data 1: genomik
Data DNA-seq.
Hujah pilihan:
-o
Nama fail output. Secara lalai, output adalah dalam format BAM.
-n
Bilangan subbacaan yang dipilih, 10 secara lalai.
-m
Ambang konsensus untuk melaporkan hit (bilangan minimum subbacaan yang dipetakan
konsensus). Jika berpasangan-hujung, ini memberikan ambang konsensus untuk bacaan sauh.
3 secara lalai
-M
Nyatakan bilangan maksimum pangkalan yang tidak padan yang dibenarkan dalam penjajaran. 3 oleh
lalai. Salah padanan yang ditemui dalam pangkalan klip lembut tidak dikira.
-T
Bilangan utas CPU yang digunakan, 1 secara lalai.
-I
Panjang maksimum (dalam bp) indel yang boleh dikesan. 5 secara lalai. Program yang
boleh mengesan indel sehingga 200bp panjang.
-B
Bilangan maksimum lokasi pemetaan yang sama terbaik untuk dilaporkan. 1 secara lalai. Catatan
Bahawa -u pilihan diutamakan -B.
-P <3: 6>
Format markah Phred dalam fail input, '3' untuk phred+33 dan '6' untuk phred+64. '3'
secara lalai.
-u Laporkan bacaan yang dipetakan secara unik sahaja. Bilangan asas yang dipadankan ( untuk RNA-seq) atau
asas yang tidak sepadan (untuk DNA-seq genomik) digunakan untuk memutuskan ikatan.
-b Tukar asas baca ruang warna kepada asas baca ruang asas dalam output pemetaan. Catatan
bahawa pemetaan baca dilakukan pada ruang warna.
--sv Kesan varian struktur (cth. indel panjang, penyongsangan, penduaan dan
translokasi) dan titik putus laporan. Rujuk Panduan Pengguna untuk titik putus
pelaporan.
--SAMinput
Bacaan input adalah dalam format SAM.
--BAMinput
Bacaan input adalah dalam format BAM.
--SAMoutput
Simpan hasil pemetaan dalam format SAM.
--trim5
Potong bilangan tapak dari 5' hujung setiap bacaan. 0 secara lalai.
--trim3
Potong bilangan tapak dari 3' hujung setiap bacaan. 0 secara lalai.
--rg-id
Tambahkan ID kumpulan baca pada output.
--rg
Tambah kepada pengepala kumpulan baca (RG) dalam output.
--DPGapOpen Penalti untuk pembukaan jurang dalam pengesanan indel pendek. -1 by
lalai.
--DPGapExt
Penalti untuk sambungan jurang dalam pengesanan indel pendek. 0 secara lalai.
--DPM padanan Penalti untuk ketidakpadanan dalam pengesanan indel pendek. 0 oleh
lalai.
--DPMatch
Skor untuk pangkalan yang sepadan dalam pengesanan indel pendek. 2 secara lalai.
--complexIndels
Kesan berbilang indel pendek yang berlaku serentak di rantau genomik kecil
(indel ini boleh sehampir 1bp antara satu sama lain).
-v Versi keluaran program.
Argumen pilihan untuk bacaan akhir berpasangan:
-R
Nama fail termasuk bacaan kedua.
-p
Ambang konsensus untuk bacaan bukan sauh (menerima undian kurang daripada sauh
dibaca daripada pasangan yang sama). 1 secara lalai.
-d
Panjang serpihan/sisipan minimum, 50bp secara lalai.
-D
Panjang serpihan/sisipan maksimum, 600bp secara lalai.
-S
Orientasi bacaan pertama dan kedua, 'fr' secara lalai ( hadapan/balik).
Rujuk Manual Pengguna untuk penerangan terperinci tentang hujah.
Gunakan subread-align dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
