Ini ialah arahan atas yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
tophat - TopHat memetakan jujukan pendek daripada transkrip yang disambung kepada genom keseluruhan
DESCRIPTION
tophat: TopHat memetakan jujukan pendek daripada transkrip yang disambung kepada genom keseluruhan.
Penggunaan:
tophat [pilihan] [reads1[,reads2,...]] \
[quals1,[quals2,...]] [quals1[,quals2,...]]
PILIHAN
-v/--versi
-o/--output-dir
[ lalai: ./tophat_out ]
--tali leher1
[ lalai: bowtie2 ]
-N/--baca-tidak sepadan
[ lalai: 2 ]
--baca-jurang-panjang
[ lalai: 2 ]
--read-edit-dist
[ lalai: 2 ]
--read-realign-edit-dist
[ lalai: "read-edit-dist" + 1 ]
-a/--min-anchor
[ lalai: 8 ]
-m/--splice-mismatches
[ lalai: 0 ]
-i/--min-intron-panjang
[ lalai: 50 ]
-I/--panjang-intron-maks
[ lalai: 500000 ]
-g/--max-multihits
[ lalai: 20 ]
--menekan-hits
-x//--transkriptom-max-hits
[ lalai: 60 ]
-M/--prefilter-multihs
(untuk -G/--Pilihan GTF, dayakan carian bowtie awal terhadap genom )
--panjang sisipan-maks
[ lalai: 3 ]
--panjang pemadaman-maks
[ lalai: 3 ]
--solexa-quals
--solexa1.3-persamaan
(sama seperti phred64-quals)
--phred64-quals
(sama seperti solexa1.3-quals)
-Q/--sama
--integer-sama
-C/--warna
(Pepejal - ruang warna)
--warna-keluar
--jenis perpustakaan
(fr-unstranded, fr-firststrand, fr-secondstrand)
-p/--num-threads
[ lalai: 1 ]
-R/--sambung semula
( cuba sambung semula pelaksanaan )
-G/--GTF
(GTF/GFF dengan transkrip yang diketahui)
--transkriptom-indeks
(indeks tali leher transkrip)
-T//--transkriptom-sahaja
(peta hanya kepada transkrip)
-j/--raw-juncs
--sisipan
--pemadaman
-r/--mate-inner-dist
[ lalai: 50 ]
--mate-std-dev
[ lalai: 20 ]
--tiada-novel-juncs
--no-novel-indels
--tiada-gtf-juncs
--tiada-liputan-carian
--liputan-carian
--microexon-search
--kekal-tmp
--tmp-dir
[ lalai: / tmp ]
-z/--zpacker
[ lalai: gzip ]
-X/--unmapped-fifo
[gunakan mkfifo untuk memampatkan lebih banyak fail sementara untuk ruang warna dibaca]
Maju Pilihan:
--laporan-penjajaran-sekunder
--tidak bercanggah
--tidak bercampur
--segmen-tidak sepadan
[ lalai: 2 ]
--panjang-segmen
[ lalai: 25 ]
--tali leher-n
[ lalai: bowtie -v ]
--liputan-min-intron
[ lalai: 50 ]
--liputan-maks-intron
[ lalai: 20000 ]
--min-segmen-intron
[ lalai: 50 ]
--maksimum-segmen-intron
[ lalai: 500000 ]
--no-sort-bam
(Output BAM tidak diisih koordinat)
--no-convert-bam
(Jangan keluarkan format bam. Output ialah /accepted_hits.sam)
--terus-fasta-order
--benarkan-pemetaan separa
tali leher2 berkaitan pilihan yang berikut:
Pilihan pratetap dalam --hujung ke hujung mod (penjajaran tempatan tidak digunakan dalam TopHat2)
--b2-sangat-cepat
--b2-cepat
--b2-sensitif
--b2-sangat-sensitif
Pilihan penjajaran
--b2-N
[ lalai: 0 ]
--b2-L [ lalai: 20 ]
--b2-i [ lalai: S,1,1.25 ]
--b2-n-siling
[ lalai: L,0,0.15 ]
--b2-gbar
[ lalai: 4 ]
Pilihan pemarkahan
--b2-mp
, [ lalai: 6,2 ]
--b2-np
[ lalai: 1 ]
--b2-rdg
, [ lalai: 5,3 ]
--b2-rfg
, [ lalai: 5,3 ]
--b2-skor-min
[ lalai: L,-0.6,-0.6 ]
Pilihan usaha
--b2-D [ lalai: 15 ]
--b2-R [ lalai: 2 ]
fusion berkaitan pilihan yang berikut:
--pencarian gabungan
--fusion-anchor-length
[ lalai: 20 ]
--fusion-min-dist
[ lalai: 10000000 ]
--gabungan-baca-tidak sepadan
[ lalai: 2 ]
--fusion-multireads
[ lalai: 2 ]
--fusion-multipairs
[ lalai: 2 ]
--gabungan-abaikan-kromosom
[ cth, ]
--gabungan-jangan-selesai-konflik
[ini untuk tujuan ujian]
SAM Header Pilihan (Untuk pembenihan penjujukan menjalankan metadata in pengeluaran):
--rg-id
(baca ID kumpulan)
--rg-sampel
(ID sampel)
--rg-perpustakaan
(ID perpustakaan)
--rg-huraian
(rentetan deskriptif, tiada tab dibenarkan)
--rg-platform-unit
(cth. ID lorong Illumina)
--rg-center
(jujukan nama pusat)
--rg-tarikh
(Tarikh ISO 8601 penjujukan dijalankan)
--rg-platform
(Penerangan platform jujukan)
untuk bantuan terperinci lihat http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html
Gunakan tophat dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
