Ini ialah arahan vina yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
vina - melekatkan molekul kecil terhadap protein
DESCRIPTION
Input:
--reseptor berhujah
bahagian tegar reseptor (PDBQT)
--flex berhujah
rantai sisi fleksibel, jika ada (PDBQT)
--ligan berhujah
ligan (PDBQT)
Cari ruang (diperlukan):
--center_x berhujah
X koordinat pusat
--center_y berhujah
Y koordinat pusat
--center_z berhujah
Koordinat Z pusat
--saiz_x berhujah
saiz dalam dimensi X (Angstroms)
--saiz_y berhujah
saiz dalam dimensi Y (Angstroms)
--saiz_z berhujah
saiz dalam dimensi Z (Angstroms)
Output (pilihan):
--keluar berhujah
model keluaran (PDBQT), lalai dipilih berdasarkan nama fail ligan
--log berhujah
secara pilihan, tulis fail log
Lain-lain (pilihan):
--CPU berhujah
bilangan CPU untuk digunakan (lalai adalah untuk cuba mengesan bilangan CPU atau,
jika gagal, gunakan 1)
--benih berhujah
benih rawak eksplisit
--kelebihan arg (=8) kehabisan carian global (kira-kira
berkadar dengan masa): 1+
--num_modes arg (=9)
bilangan maksimum mod pengikatan untuk dijana
--julat_tenaga arg (=3)
perbezaan tenaga maksimum antara mod pengikatan terbaik dan yang paling teruk dipaparkan
(kcal/mol)
konfigurasi fail (pilihan):
--config berhujah
pilihan di atas boleh diletakkan di sini
Maklumat (pilihan):
- membantu paparan ringkasan penggunaan
--help_advanced
paparan ringkasan penggunaan dengan pilihan lanjutan
--versi
paparan versi program
Gunakan vina dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
