Ini ialah arahan xcrysden yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
xcrysden - visualisasi struktur kristal dan molekul
SINOPSIS
xcrysden [pilihan-khusus]
xcrysden [pilihan-khusus] pilihan format fail|direktori
DESCRIPTION
XCrySDen ialah program visualisasi struktur kristal dan molekul, yang bertujuan untuk
paparan isosurfaces dan kontur, yang boleh ditindih pada struktur kristal
dan diputar dan dimanipulasi secara interaktif.
KHAS PILIHAN
-h
- membantu
Paparkan mesej bantuan.
-v
--versi
Paparkan maklumat versi program.
-u id
--gunakan id
Muatkan XCrySDen yang dibenamkan ke dalam tetingkap bekas dengan window-ID=id.
-r malap
--reducedim malap
Kurangkan dimensi berkala fail XSF kepada malap. Mesti dinyatakan sebelum ini --xsf pilihan,
contohnya, xcrysden -r 2 --xsf fail.
-c fail
--adat fail
Muatkan definisi tersuai daripada fail tertentu (sintaksnya ialah
~/.xcrysden/definisi tersuai).
-a fail
--atribut fail
Muatkan atribut daripada fail. Format fail atribut adalah seperti berikut:
ELEMENTCOLOR
nombor atom1 red1 blue1 green1
nombor atom2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
nombor atom1 jejari1
nombor atom2 jejari2
...
-l fail
--lampu fail
Muatkan parameter lampu daripada fail berformat lampu XCrySDen.
FORMAT PILIHAN
--xsf fail
Muatkan struktur daripada fail berformat XCrySDen's-Structure-File (XSF).
--animxsf fail
--axsf fail
Muatkan struktur daripada fail berformat Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).
--bxsf fail
Muatkan jalur daripada fail BXSF (Band-XSF) dan gambarkan Fermi Surface.
--xmol fail
--xyz fail
Muatkan struktur daripada fail berformat XYZ.
--pdb fail
Muatkan struktur daripada fail berformat PDB.
--gzmat fail
Muatkan struktur daripada Gaussian Z-matrix (memerlukan program Open-Babel).
--gaussian_out fail
--gxx_out fail
--g98_out fail
Muatkan struktur daripada fail keluaran Gaussian. Hanya pengiraan mata tunggal dan
larian pengoptimuman disokong setakat ini. Untuk larian pengoptimuman adalah mungkin untuk
memberikan semua struktur yang dihasilkan semasa larian.
--kubus fail
--gXX_cube fail
--g98_cube fail
Muatkan struktur daripada fail kubus Gaussian. Fail kubus hendaklah dihasilkan dengan
Cube=Pilihan kad. Hanya fail kiub skalar disokong, iaitu, Cube=(Kad,Ketumpatan)
atau Kiub=(Kad, Orbital) atau Kiub=(Kad, Potensi). Rujuk manual GAUSSIAN untuk
maksud kata kunci ini.
--crystal_inp fail
Struktur beban daripada CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) fail input.
--kristal_f9 fail
Struktur beban daripada CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) unit fortran 9.
--wien_struct kepala fail|fail|direktori
Muatkan struktur daripada WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, di mana:
kepala fail = nama fail struct tanpa .struct sambungan,
fail = nama fail,
direktori = nama direktori kes.
--wien_kpath direktori|fail-struktur
Baca struktur failkan dan jadikan zon Brillouin pertama dengan mata-k khas. K-path boleh
dipilih secara interaktif dengan mengklik tetikus k-point khas. Pengguna mesti nyatakan EMIN
and EMAX tenaga dan jumlah bilangan k-titik di sepanjang laluan. Nombor ini adalah semata-mata
anggaran jumlah bilangan k-mata, kerana XCrySDen cuba menjadi sangat seragam
pensampelan k-titik di sepanjang laluan (jangan nyatakan bilangan maksimum WIEN2k yang dibenarkan bagi k-
mata, kerana XCrySDen mungkin menjana beberapa mata lagi).
--wien_renderdensity direktori
Baca struktur, output, dan rho fail dan menjadikan struktur kristal dan diprakira
ketumpatan cas.
--wien_density direktori
Sama ada rantau 2D atau 3D untuk pengiraan ketumpatan cas dipilih secara interaktif oleh
klik tetikus. XCrySDen menjana in5 fail, mengira dan memberikan ketumpatan cas
sama ada sebagai isolin/satah berwarna (2D) atau isosurfaces (3D).
--wien_fermisurface direktori
Pop timbul tetingkap tugas untuk penciptaan permukaan Fermi. Selepas beberapa langkah Fermi
permukaan (mudah-mudahan) dilukis sebagai isosurface 3D.
--fhi_inpini fail
Struktur beban daripada FHI98MD inp.ini fail berformat.
--fhi_coord fail
Struktur beban daripada FHI98MD coordinat.out fail berformat.
--pwi
--pw_inp fail
Struktur beban daripada pw.x input fail. pw.x ialah program gelombang satah potensi pseudo bagi
taburan Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).
--pwo
--pw_out fail
Struktur beban daripada pw.x output fail. pw.x ialah program gelombang satah potensi pseudo bagi
taburan Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).
-s skrip
--skrip skrip
Muatkan skrip daripada fail yang mengandungi skrip Tcl.
Gunakan xcrysden dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net