Ini ialah apl Linux bernama CIMS yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai CIMS.v1.0.5.tgz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian aplikasi bernama CIMS ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN:
CIMS
HURAIAN:
Pakej ini termasuk skrip untuk mengesan tapak mutasi teraruh pemautan silang (CIMS) yang boleh dihasilkan semula secara statistik dan tapak pemotongan teraruh pemautan silang (CITS) daripada data HITS-CLIP.
Rujukan:
Moore, M.*, Zhang, C.*, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. Memetakan interaksi protein Argonaut dan pengikat RNA konvensional dengan RNA pada resolusi nukleotida tunggal menggunakan HITS-CLIP dan analisis CIMS. Protokol Nat, 9:263-293.
Zhang, C.†, Darnell, RB† 2011. Pemetaan dalam interaksi protein-RNA vivo pada resolusi nukleotida tunggal daripada data HITS-CLIP. Nat. Bioteknologi. 29:607-614.
Ciri-ciri
- Memetakan bacaan CLIP mentah kepada genom rujukan (menggunakan novoalign)
- Pendua PCR yang runtuh dengan model berbeza bergantung pada kehadiran kod bar rawak
- Tag Kluster CLIP untuk mengenal pasti kelompok dan menentukan ketinggian puncak
- Menjejaki mutasi (sisipan, pemadaman dan penggantian) dalam teg CLIP unik
- Mengenal pasti tapak mutasi teraruh pautan silang (CIMS) yang teguh
- Mengenal pasti tapak pemangkasan teraruh pemautan silang teguh (CITS) daripada BrdU-CLIP, iCLIP atau variasi lain yang serupa
Penonton
Pengguna Akhir Termaju
Antaramuka pengguna
Barisan arahan
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.