Ini ialah apl Linux bernama codonPhyML yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama codonPhyML ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
codonPhyML
DESCRIPTION
codonPhyML menggunakan model evolusi kodon Markovian dalam pembinaan semula filogeni. Memandangkan satu set spesies yang dicirikan oleh jujukan DNA mereka sebagai input, codonPhyML akan mengembalikan pokok filogenetik yang paling menggambarkan hubungan evolusi mereka. Kertas kerja kami yang menerangkan kodonPhyML telah diterbitkan dalam jurnal "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Untuk butiran lanjut, ikuti pautan: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML ada di muka depan MBE! Semak ini (Ogos 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Untuk versi berbilang model CodonPhyML, sila gunakan tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Ciri-ciri
- Model evolusi kodon Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- NNI dan topologi pokok SPR mencari heuristik
- parameter kadar penggantian dianggarkan mengikut kemungkinan maksimum
- sokongan berbilang teras melalui OpenMP
- kemungkinan setanding merentas model yang berbeza (iaitu AA, NT dan CODON)
Penonton
Sains/Penyelidikan, Pendidikan
Antaramuka pengguna
Konsol/Terminal, Baris Perintah
Bahasa Pengaturcaraan
C
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
