Ini ialah apl Linux bernama CUDLign untuk dijalankan dalam Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama CUDLign ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
CUDAlign untuk dijalankan dalam Linux dalam talian
Ad
DESCRIPTION
CUDAlign ialah alat yang dapat menjajarkan urutan DNA berpasangan dengan saiz tidak terhad dalam GPU CUDA, menggunakan algoritma Smith-Waterman yang digabungkan dengan Myers-Miller. Ia menghasilkan penjajaran optimum 1 juta jujukan asas dalam 45 saat menggunakan GTX 560 Ti. Banyak pengoptimuman sedang dibangunkan untuk perisian ini. Lihat kertas berikut untuk maklumat terperinci:[1] Edans Sandes, Alba Melo. Mendapatkan Penjajaran Smith-Waterman dengan Pengoptimuman untuk Jujukan Biologi Megabase menggunakan GPU. Transaksi IEEE pada Sistem Selari dan Teragih, vol. 99, PraCetak, 2012
[2] Edans Sandes, Alba Melo. Penjajaran Smith-Waterman bagi Jujukan Besar dengan GPU dalam Ruang Linear. IPDPS 2011: 1199-1211
[3] Edans Sandes, Alba Melo. CUDAlign: menggunakan GPU untuk mempercepatkan perbandingan jujukan genomik megabase. PPOPP 2010: 137-146
Kod sumber terkini boleh didapati di Github. Lihat projek MASA di https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Java Swing, baris Perintah
Bahasa Pengaturcaraan
C + +
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/cudalign/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
