Ini ialah apl Linux bernama FusionCatcher untuk dijalankan di Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai fusioncatcher_v1.20.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama FusionCatcher ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
FusionCatcher untuk dijalankan di Linux dalam talian
Ad
DESCRIPTION
FusionCatcher mencari gen gabungan somatik novel/yang diketahui, translokasi dan chimera dalam data RNA-seq (bacaan akhir berpasangan daripada platform Illumina NGS seperti Solexa dan HiSeq) daripada sampel berpenyakit.Matlamat FusionCatcher adalah:
- kadar pengesanan yang sangat baik untuk mencari gen gabungan calon,
- sangat mudah digunakan (iaitu tiada pengetahuan apriori tentang pangkalan data dan bioinformatik diperlukan untuk menjalankan FusionCatcher),
- pengesanan gen gabungan yang mencabar, seperti contoh gabungan IGH, gabungan CIC, gabungan DUX4, gabungan CRLF2, gabungan TCF3, dsb.
- menjadi automatik yang mungkin (iaitu FusionCatcher akan memilih secara automatik parameter terbaik untuk mencari gen gabungan calon, cth mencari penyesuai secara automatik, membina persimpangan exon-exon secara automatik berdasarkan panjang bacaan input, dsb.) sambil menyediakan kadar pengesanan yang terbaik untuk mencari gen gabungan.
Penonton
Sains/Penyelidikan
Bahasa Pengaturcaraan
Python
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
