Ini ialah apl Linux bernama gsasnp2 yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama gsasnp2 ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
gsasnp2
DESCRIPTION
* GSA-SNP2 ialah pengganti GSA-SNP (Nam et al. 2010, isu pelayan web NAR). GSA-SNP2 menerima data ringkasan GWAS manusia (nombor rs, nilai p) atau nilai p-bijak gen dan menghasilkan set gen laluan 'diperkaya' dengan gen yang dikaitkan dengan fenotip yang diberikan. Ia juga menyediakan kedua-dua rangkaian interaksi protein tempatan dan global dalam laluan yang berkaitan.
* Artikel: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Pengayaan laluan yang cekap dan analisis rangkaian data ringkasan GWAS menggunakan GSA-SNP2", Penyelidikan Asid Nukleik, Vol. 46(10), e60(2018).
* ID PubMed: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> SILA ALIH ATAU BUAT SALINAN FOLDER 'DATA' KE DALAM FOLDER UJIAN INTENSIF ANDA (IAitu LINUX, MAC ATAU FOLDER DITETAPKAN WINDOWS) UNTUK MEMBENARKAN PROGRAM MENCARI DATA YANG DIPRERESENTIKAN.
* NOTA KEMASKINI:
-> Sep-1-2020: tambah kemas kini untuk Ubuntu-20.04. Anda memerlukan perpustakaan Boost dipasang (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mac-7-2018: semak istilah pengepala dalam fail output
Ciri-ciri
- 1/ 'KAWALAN RALAT JENIS I YANG BAIK' dicapai melalui dua proses berikut: A) Skor gen 'dilaraskan' kepada bilangan SNP yang diberikan kepada setiap gen menggunakan lengkung arah aliran splin kubik monoton. B) Gen bersebelahan dengan korelasi antara gen yang tinggi dalam setiap laluan telah dikeluarkan
- 2/ 'HIGH POWER AND FAST COMPUTATION' berdasarkan model set rawak
- 3/ 'TIADA PARAMETER PERCUMA KRITIKAL'
- 4/ 'RANGKAIAN INTERAKSI PROTEIN' di kalangan gen ahli telah divisualisasikan untuk laluan yang ketara. Fungsi ini membolehkan pengguna mengutamakan sub-rangkaian teras dalam dan merentasi laluan penting. Rangkaian STRING dan HIPPIE sedang disediakan
- 5/ 'MUDAH DIGUNAKAN': Ia hanya memerlukan data ringkasan GWAS (atau nilai p gen) dan hanya mengambil masa satu atau dua minit untuk mendapatkan hasil. Alat laluan serba lengkap lain yang berkuasa memerlukan input korelasi SNP juga dan mengambil masa yang lebih lama. Pengguna juga boleh memuat naik set gen laluan mereka sendiri dan rangkaian interaksi protein.
Antaramuka pengguna
Win32 (MS Windows), Command-line
Bahasa Pengaturcaraan
C++, PHP, JavaScript
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
