Ini ialah apl Linux bernama mitoMaker untuk dijalankan di Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai mitoMaker_1.14.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama mitoMaker ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
mitoMaker untuk dijalankan di Linux dalam talian
DESCRIPTION
mitoMaker ialah skrip saluran paip yang dibangunkan untuk memudahkan pemasangan dan anotasi automatik genom mitokondria, berdasarkan bacaan NGS mentah dan rujukan sasaran pilihan.mitoMaker memanggil pemasang dan algoritma yang terkenal, seperti SOAPdenovo, MIRA dan blast+ dan menghuraikan hasil mereka memberikan output yang mudah dibaca, seperti FASTA, GENBANK, SEQUIN, PNG dan lain-lain.
Saluran paip umum:
Perhimpunan De Novo 1-berulang, dengan nilai k-mer yang berbeza, cuba memasang binaan yang sepadan dengan genom mitokondria sasaran yang diberikan.
2-mencari semua ciri gen mitokondria dan pekeliling.
3-menyimpan hasil terbaik ditemui.
4-menggunakan pemasangan terbaik sebagai tulang belakang untuk pemasangan berasaskan rujukan, menggunakan MIRA dan MITObim, cuba memanjangkan mitogenome dan merapatkan jurang.
5-menganotasi pemasangan terbaik, mengenal pasti kedudukan mula dan akhir setiap ciri.
6-membuat folder dengan semua keputusan (PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF dan fail log statistik).
Ciri-ciri
- Anotasi automatik genom mitokondria
- Pemasangan automatik b ased pada bacaan mentah
- Sangat boleh disesuaikan melalui baris arahan
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Konsol/Terminal
Bahasa Pengaturcaraan
Python
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/mitomaker/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
