Ini ialah apl Linux bernama Swift Sequence Alignment Program yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai swift-0.11.2.tgz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama Swift Sequence Alignment Programme dengan OnWorks ini secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN:
Program Penjajaran Urutan Pantas
HURAIAN:
Swift ialah program penjajaran jujukan DNA yang menghasilkan penjajaran bergap menggunakan algoritma Smith-Waterman. Ia mengambil fail pertanyaan (format FASTA) dan fail rujukan (format FASTA) sebagai input. Ia mengeluarkan nama rujukan, nama baca, penjajaran celah, skor penjajaran, kedudukan permulaan dan penamat penjajaran, dan panjang penjajaran.
Saya memberi ceramah mengenai Swift dalam Persidangan Teknologi GPU 2012. Ceramah itu boleh diakses di http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Untuk memasang dan menjalankan Swift, sila rujuk halaman Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Jika anda memerlukan bantuan lanjut untuk memasang atau menjalankan Swift, sila hubungi Pankaj Gupta di pankaj.gupta@stjude.org.
Ciri-ciri
- Menghasilkan penjajaran bergap menggunakan algoritma Smith-Waterman
- Algoritma Smith-Waterman berjalan pada GPU (Unit Pemprosesan Grafik)
- Menerima fail baca (format FASTA) dan fail rujukan (format FASTA) sebagai input
- Nama rujukan keluaran, nama baca, penjajaran celah, skor penjajaran, kedudukan permulaan dan penamat penjajaran, dan panjang penjajaran
- Menyokong bacaan Illumina (panjang tetap)
- Keperluan: OS Linux; Memori sistem 4 GB; Kad grafik berkebolehan CUDA; Kit alat CUDA 4.2+; 6 GB memori global; Memori kongsi 49 KB
Penonton
Sains/Penyelidikan
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.