ABYSS - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

ABYSS - verzamel korte leesbewerkingen in contigs

KORTE INHOUD

ABYSS [OPTIE] ... FILE...

PRODUCTBESCHRIJVING

Verzamel alle invoerbestanden, FILE, die in FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM of
BAM-formaat en kan worden gecomprimeerd met gz, bz2 of xz en kan worden geteerd.

Gebruikers die een volledige assembly met ABySS willen uitvoeren, wordt aangeraden om abyss-pe te gebruiken als hun
toegangspunt in plaats van het ABYSS-programma. abyss-pe is een Makefile die veel coördineert
van de ABySS-tools (inclusief ABYSS) om de volledige ABySS-assemblagepijplijn te laten draaien.
abyss-pe is in staat om veel dingen te doen die ABYSS niet kan, zoals het benutten van de
afstandsinformatie geleverd door gepaarde einduitlezingen en partnerpaaruitlezingen.

--kuisheid
gooi onkuise lezingen weg [standaard]

--geen-kuisheid
gooi geen onkuise reads weg

--trim-gemaskeerd
trim gemaskeerde bases vanaf de uiteinden van reads [standaard]

--geen-trim-gemaskeerd
knip gemaskeerde bases niet af vanaf de uiteinden van leesbewerkingen

-q, --trimkwaliteit=THRESHOLD
trim de basis vanaf de uiteinden van leesbewerkingen waarvan de kwaliteit lager is dan de drempelwaarde

-Q, --masker-kwaliteit=THRESHOLD
maskeer alle basen in reads waarvan de kwaliteit lager is dan de drempelwaarde

--Standaard Kwaliteit
nulkwaliteit is `!' (33)
standaard voor FASTQ- en SAM-bestanden

--illumina-kwaliteit
nulkwaliteit is `@' (64)
standaard voor qseq en exportbestanden

-o, --uit=FILE
schrijf de contigs naar FILE

-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer maat

-t, --trimlengte=TRIM_LENGTH
maximale lengte van bungelende randen om te trimmen

-c, --Dekking=COVERAGE
verwijder contigs met een gemiddelde k-mer-dekking van minder dan deze drempel

-b, --bubbels=N
pop bellen korter dan N bp (standaard: 3*k).

-b0, --geen bubbels
geen bubbels laten knappen

-e, --eroderen=COVERAGE
eroderen bases aan de uiteinden van stompe contigs met dekking minder dan deze drempel

-E, --eroderen-streng=COVERAGE
erodeert de bases aan de uiteinden van stompe contigs met een dekking lager dan deze drempelwaarde
beide strengen

--dekking-geschiedenis=FILE
leg het k-mer-dekkingshistogram vast in FILE

-g, --grafiek=FILE
genereer een grafiek in puntformaat

-s, --snp=FILE
record gepofte bubbels in BESTAND

-v, --uitgebreid
uitgebreide uitvoer weergeven

--help laat deze hulp zien en eindig

--versie
uitgang versie informatie en eindig

Gebruik ABYSS online met behulp van onworks.net-services