Dit is het commando dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
alf - Uitlijningsvrije reeksvergelijking
KORTE INHOUD
alf [OPTIES] -i IN.FASTA [-o UIT.TXT]
PRODUCTBESCHRIJVING
Bereken de paarsgewijze gelijkenis van sequenties met behulp van uitlijningsvrije methoden in IN.FASTA
en schrijf de door tabs gescheiden matrix met paarsgewijze scores uit naar OUT.TXT.
-h, --help
Geeft dit helpbericht weer.
--versie
Weergave versie-informatie
-v, --uitgebreid
Wanneer dit wordt gedaan, worden details over de voortgang op het scherm afgedrukt.
Invoer uitvoer:
-i, --Invoer bestand FILE
Naam van het multi-FASTA-invoerbestand. Geldige bestandstypen zijn: fa en fasta.
-o, --uitvoerbestand FILE
Naam van het bestand waarin de door tabs gescheiden matrix met paarsgewijze scores komt te staan
geschreven naar. Standaard is het schrijven naar stdout. Geldig bestandstype is: alf.tsv.
Algemene algoritmeparameters:
-m, --methode METHODE
Selecteer de te gebruiken methode. Een van N2, D2, D2Star en D2z. Standaard: N2.
-k, --k-mer-maat K
Grootte van de k-meren. Standaard: 4.
-mo, --bg-model-volgorde BESTELLEN
Volgorde van achtergrond Markov-model. Standaard: 1.
N2-algoritmeparameters:
-rc, --omgekeerd complement MODE
Welke streng moet worden gescoord. Gebruik beide_strands om beide strengen tegelijkertijd te scoren. Een
van invoer, beide_strands, gemiddelde, min en max. Standaard: invoer.
-mm, --mismatches FOUTEN
Aantal mismatches, één van 0 en 1. Wanneer 1 wordt gebruikt, gebruikt N2 de k-mer-buur
met één mismatch. Standaard: 0.
-mmw, --mismatch-gewicht GEWICHT
Real-value gewicht van tellingen voor woorden met mismatches. Standaard: 0.1.
-kwf, --k-mer-gewichten-bestand BESTAND.TXT
Druk k-mer-gewichten af voor elke reeks in dit bestand, indien opgegeven. Geldig bestandstype is:
tekst.
CONTACT EN REFERENTIES
Voor vragen of opmerkingen kunt u contact opnemen met:
Jonathan Goeke[e-mail beveiligd]>
Raadpleeg de volgende publicatie als u ALF of de N2-methode hebt gebruikt
jouw analyse:
Jonathan Goeke, Marcel H. Schulz, Julia Lasserre en Martin Vingron. Schatting van
Paarsgewijze sequentie-overeenkomst van zoogdierversterkers met woordbuurttellingen.
Bio-informatica (2012).
Startpagina van het project:
http://www.seqan.de/projects/alf
VERSIE
alf versie: 1.1 Laatste update 5 januari 2012
Gebruik alf online met behulp van onworks.net-services
