Dit is de opdracht fa2dna die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fa2dna - formaat fasta-database voor gebruik met ANFO
KORTE INHOUD
fa2dna [ optie | filet ... ]
PRODUCTBESCHRIJVING
fa2dna leest een of meer bestanden in fasta-formaat en formatteert ze opnieuw in een geschikte database
voor enfo(1). De invoerbestanden kunnen meer dan één reeks bevatten, en elke reeks kan dat ook doen
worden opgedeeld in meerdere contigs door een stuk N's. Alle IUPAC-dubbelzinnigheidscodes zijn dat
volledig ondersteund.
OPTIES
-V, --versie
Versienummer afdrukken en afsluiten.
-o bestand, --output bestand
Schrijf uitvoer naar filet.filet zou moeten eindigen op .dnaomdat enfo en een deel stroomafwaarts
tools kunnen over een andere extensie struikelen. Standaard is de genoomnaam met
the .dna verlenging.
-m N, --maxn N
Stelt het maximale aantal in Ns te interpreteren als IUPAC-dubbelzinnigheidscodes N; ieder
langere rek wordt geïnterpreteerd als het scheiden van contigs. Standaard is 2.
-g naam, --genoomnaam
Stelt de genoomnaam in op naam. Deze naam wordt opgeslagen in het uitvoerbestand en zal
door enfo om het gematchte genoom in zijn output te identificeren. Het genoom moet a
voorvoegsel van de naam van het uitvoerbestand, zodat downstream-tools deze kunnen vinden. De naam
moet kort zijn, maar uniek, zoiets als "hg18" of "pt2" voor mens of chimpansee
genomen zouden prima werken.
-d tekst, --beschrijvingstekst
Voegt tekst als beschrijving van de metadata. Dit is puur informatief.
-v, --uitgebreid
Zorgt ervoor dat er een voortgangsindicator wordt afgedrukt.
Gebruik fa2dna online met behulp van onworks.net-services
