Dit is de opdracht fill-fs die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fill-fs - Annoteer VCF met flankerende reeks
KORTE INHOUD
vul-fs [OPTIES] bestand.vcf
PRODUCTBESCHRIJVING
Over: Annoteer VCF met flankerende reeks (INFO/FS-tag)
OPTIES
-b, --bedmasker
Te maskeren regio's (geïndexeerd in tabix), meerdere bestanden kunnen worden opgegeven
-c, --TROS
Voer zelfmaskering uit van geclusterde varianten binnen dit bereik.
-l, --lengte
Lengte flankerende reeks [100]
-m, --masker-char
Het te gebruiken teken of 'lc' voor kleine letters. Deze optie moet voorafgaan -b, -v or -c
om van kracht te worden. Met meerdere bestanden werkt
als schakelaar op de opdrachtregel, zie onderstaand voorbeeld [N]
-r, --verwijzing
De referentiereeks.
-v, --vcf-masker
Masker bekende varianten in de flankerende reeks, er kunnen meerdere bestanden worden opgegeven (tabix
geïndexeerd)
-h, -?, --help
Dit hulpbericht.
Voorbeeld:
# Masker varianten uit het VCF-bestand met N's en gebruik kleine letters voor het bedbestand
regio's fill-fs bestand.vcf -v masker.vcf -m lc -b masker.bed
Gebruik fill-fs online met behulp van onworks.net-services
