frendp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

frend.pl - Render een Bio::Graphics Feature File op internet

KORTE INHOUD

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

PRODUCTBESCHRIJVING

Het frend.pl-script is een dunne front-end rond de Bio::Graphics-module. Het accepteert een
lijst met bestanden die de sequentie (eiwit, nucleotide) bevatten, voorzien van coördinaten van de
bestand(en) vermeld op de opdrachtregel of in standaardinvoer, rendert deze en produceert een PNG
bestand op standaarduitvoer.

INSTALLATIE

Kopieer dit script naar de cgi-bin-directory van uw website. Noem het zoals je wilt.

Kenmerk Bestanden Formaat

Dit script accepteert en verwerkt reeksannotaties in een eenvoudig door tabs gescheiden formaat of
in GFF-formaat.

Het functiebestandsformaat heeft een configuratiegedeelte en een gegevensgedeelte. De configuratie
sectie stelt de grootte en algemene eigenschappen van de afbeelding in, en de gegevenssectie geeft
de functiegegevens zelf.

Configuratie sectie
Als dit niet wordt opgegeven, genereert dit script een redelijke standaardconfiguratiesectie voor
u, dus u hoeft geen configuratiesectie op te geven om een ​​redelijk beeld te krijgen.
Als u echter het uiterlijk van de afbeelding wilt aanpassen, wilt u waarschijnlijk de instellingen aanpassen
configuratie. Hier is een fragment uit het configuratiegedeelte:

# voorbeeldbestand
[algemeen]
basen = -1000..21000
hoogte = 12

[EST]
glyph = segmenten
bgkleur= geel
connector = solide
hoogte = 5

[FGENEN]
glyph = transcript2
bgkleur = groen
beschrijving = 1

De configuratiesectie is verdeeld in een reeks secties, elk gelabeld met een
[Sectietitel]. De sectie [algemeen] specificeert algemene opties voor de gehele afbeelding.
Andere secties zijn van toepassing op bepaalde functietypen. In het bovenstaande voorbeeld is de configuratie
in de sectie [EST] is van toepassing op functies die zijn gelabeld als ESTs, terwijl de configuratie in de
De sectie [FGENES] is van toepassing op kenmerken die zijn gelabeld als voorspellingen van het FGENES-gen
voorspelling programma.

Binnen elke sectie bevindt zich een reeks naam=waarde-paren, waarbij de naam de naam is van een
optie om in te stellen. U kunt witruimte rond het =-teken plaatsen om het leesbaarder te maken, of zelfs
gebruik een dubbele punt (:) als je dat liever hebt. De volgende optienamen worden herkend:

Optie Waarde Voorbeeld
------ ----- -------

basen Min & max van het sequentiebereik (bp) 1200..60000
breedte breedte van de afbeelding (pixels) 600
hoogte Hoogte van elk grafisch element (pixels) 10
glyph Stijl van elk grafisch element (zie hieronder) transcript
fgcolor Voorgrondkleur van elk element geel
bgcolor Achtergrondkleur van elk element blauw
lijnbreedte Breedte van lijnen 3
label Druk de naam van het element af 1
beschrijving Of de beschrijving van het kenmerk moet worden afgedrukt 0
bump Elementen mogen niet botsen 1
ticks Print maatstreepjes op pijlen 1
connector Type groepsconnector (stippellijn, hoed of effen) gestippeld

De opties "basis" en "breedte" zijn alleen relevant in de sectie [algemeen]. Zij zijn
overschreven door de gelijknamige opdrachtregelopties.

De overige opties kunnen in elke sectie worden gevonden, maar indien aanwezig in de
De sectie [algemeen] zal de standaardinstellingen voor de anderen instellen.

Kleuren zijn Engelstalige kleurnamen of #RRGGBB-kleuren in webstijl (zie een boek over HTML
voor uitleg). Waar/onwaar-waarden zijn 1 voor waar en 0 voor onwaar. Numerieke bereiken kunnen dat wel
worden uitgedrukt in start..end-modus met twee punten, of als start-end met een koppelteken.

De optie "glyph" bepaalt hoe de objecten worden weergegeven. De volgende tekens zijn
geïmplementeerd:

Naam Beschrijving
---- -----------

vak Een gevulde rechthoek, niet-directioneel.
ellips Een ovaal.
pijl Een pijl; kan unidirectioneel zijn of
bidirectioneel. Het is ook in staat om weer te geven
een schaal met grote en kleine maatstreepjes, en kan
horizontaal of verticaal georiënteerd zijn.
segmenten Een reeks gevulde rechthoeken, verbonden door een vast lichaam
lijnen. Wordt gebruikt voor onderbroken functies, zoals
gapped uitlijningen en exon-groepen.
transcript Vergelijkbaar met segmenten, maar de verbindingslijn is
een "hoed"-vorm, en de richting van
transcriptie wordt aangegeven door een kleine pijl.
transcript2 Vergelijkbaar met transcript, maar de richting van
transcriptie wordt aangegeven door een terminaal segment
in de vorm van een pijl.
primers Twee naar binnen wijzende pijlen verbonden door een lijn. Gebruikt voor STS'en.

De bump-optie is de belangrijkste optie om het uiterlijk van de afbeelding te bepalen. Indien ingesteld
op false (het getal 0), dan mogen de kenmerken elkaar overlappen. Indien ingesteld op true (de
nummer 1), dan zullen de elementen verticaal bewegen om botsingen te voorkomen. Indien niet gespecificeerd,
bump wordt ingeschakeld als het aantal van een bepaald type reeksfunctie groter is dan 50.

Data sectie
Het gegevensgedeelte kan het configuratiegedeelte volgen of voortzetten. De twee secties kunnen
ook vermengd zijn. De gegevenssectie is een door tabs of door witruimte gescheiden bestand dat u kunt gebruiken
exporteren vanuit een spreadsheetprogramma of tekstverwerkerbestand (zorg ervoor dat u het opslaat als tekst
alleen!)

Hier is een voorbeeld van een gegevenssectie:

Cosmide B0511. 516-619 Cosmide B0511. 3185-3294 Cosmide
B0511 . 10946-11208 Cosmide B0511 . 13126-13511 Cosmide
B0511 . 66-208 Cosmide B0511. 6354-6499 Cosmide B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Zweedse vis FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Transmembraandomein
FGENESH "Gen 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase- en sushi-domeinen

Elke regel van het bestand bevat vijf kolommen. De kolommen zijn:

Kolom # Beschrijving
-------------------

1 functietype
2 functienaam
3-streng
4 coördinaten
5 beschrijving

Functietype
Het feature type moet overeenkomen met een van de kopjes [feature type] in de
configuratie sectie. Als dit niet het geval is, worden de [algemene] opties toegepast op de
functie bij het renderen. De functienaam is een naam voor de functie. Gebruik een "." of
"-" als dit niet relevant is. Als de naam witruimte bevat, typt u enkel of dubbel
aanhalingstekens ("") rond de naam.

strand
De streng geeft aan op welke streng de feature zich bevindt. Het is een van de "+" voor de aanvaller
streng, "-" voor de omgekeerde streng, of "." voor functies die niet zijn gestrand.

coördinaten
De coördinatenkolom is een set van een of meer bereiken die het object in beslag neemt.
Bereiken worden geschreven met ".." zoals in start..stop, of met koppeltekens, zoals in start-stop.
Voor functies die uit meerdere bereiken zijn samengesteld &em; bijvoorbeeld transcripties daarvan
meerdere exons hebben &em; je kunt de bereiken op dezelfde regel plaatsen, gescheiden door
komma's of spaties, of plaats de bereiken op afzonderlijke regels en gebruik gewoon dezelfde functie
naam en type om ze te groeperen. In het bovenstaande voorbeeld gebruiken de Cosmid B0511-functies de
individuele lijnstijl, terwijl de FGENESH-functies gebruik maken van alle bereiken op één lijn
stijl.

Beschrijving
De laatste kolom bevat een beschrijvende tekst. Als de beschrijvingsoptie is ingesteld op
true, deze tekst wordt in de weergave onder het object afgedrukt.

Ten slotte is het mogelijk om gerelateerde functies te groeperen. Een voorbeeld zijn de EST's
yk53c10.5 en yk53c10.3, die verwant zijn doordat ze worden gelezen vanaf de twee uiteinden van de kloon
yk53c10. Om deze relatie aan te geven, genereert u een sectie die er als volgt uitziet:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

De groep wordt aangegeven door een regel die slechts twee kolommen bevat die het kenmerk bevatten
type en een unieke naam voor de groep. Volg deze lijn met alle kenmerken waaruit de
groep, maar laat de eerste kolom (het objecttype) leeg. De groep wordt weergegeven door
een stippellijn trekken tussen alle leden van de groep. U kunt dit wijzigen door
door een andere connectoroptie op te geven in de configuratiesectie voor deze functie
type.

Gebruik frendp online met behulp van onworks.net-services