Dit is de opdrachtkloof5 die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online-emulator of MAC OS online-emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gap5 - Genome Assembly Program (onderdeel van staden-pakket)
KORTE INHOUD
kloof5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notities] [DATABASE_NAME.V]
PRODUCTBESCHRIJVING
Gap5 is een genoomassemblageprogramma. Het programma bevat alle tools die dat zouden kunnen zijn
verwacht van een montageprogramma plus vele unieke kenmerken en een zeer gebruiksvriendelijk
koppel. De originele versie werd beschreven in Bonfield,JK, Smith,KF en Staden,R. A
nieuw programma voor het assembleren van DNA-sequenties. Nucleïnezuren Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 is erg groot en krachtig. Iedereen gebruikt een subset van opties en heeft zijn eigen
favoriete manier om ze te openen en te gebruiken. Hoewel er veel van is, zijn gebruikers dat wel
aangemoedigd om de hele documentatie een keer door te nemen, gewoon om te ontdekken wat is
mogelijk is en op de manier die het beste bij hun eigen werk past. Althans, dit geheel
inleidende hoofdstuk moet worden gelezen, omdat het op de lange termijn tijd zal besparen.
OPTIES
-ro Alleen-lezen
-maxseq N
Initiële maximale totale consensuslengte
-maxdb N
Aanvankelijk maximum aantal contigs + metingen
-(geen_)check
Voer Check Database (niet) uit bij het openen van de database
-(geen_)exec_notes
Voer (niet) OPEN/CLOS-notities uit bij het openen van de database
-(no_)rawdata_note
Gebruik (geen) RAWD-notitie in plaats van RAWDATA env. variabel
-(geen_)csel
(Niet) start de contig selector bij db open
-Scherm
X Scherm om te gebruiken
-bitgrootte N
Specificeert de bitgrootte van het aux-bestand voor nieuwe databases (32/64)
-synchroniseren Synchrone modus gebruiken voor weergaveserver (foutopsporing)
-- Einde van de argumentenlijst
Gebruik gap5 online met behulp van onworks.net-services
