Dit is de opdracht glam2 die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
glam2 - Gapped lokale uitlijning van motieven
KORTE INHOUD
glamour2 [opties] alfabet mijn_seqs.fa
Een ander alfabet dan p or n wordt geïnterpreteerd als de naam van een alfabetbestand.
PRODUCTBESCHRIJVING
GLAM2 is een softwarepakket voor het vinden van motieven in sequenties, meestal aminozuren of
nucleotide sequenties. Een motief is een terugkerend reekspatroon: typische voorbeelden zijn de
TATA-box en het CAAX prenylatiemotief. De belangrijkste innovatie van GLAM2 is dat het mogelijk is
toevoegingen en verwijderingen in motieven.
OPTIES (STANDAARD INSTELLINGEN)
-h
Toon alle opties en hun standaardinstellingen.
-o
Uitvoerbestand (stdout).
-r
Aantal uitlijnruns (10).
-n
Beëindig elke run na zoveel iteraties zonder verbetering (10000).
-2
Onderzoek beide strengen - voorwaartse en achterwaartse complement.
-z
Minimum aantal sequenties in de uitlijning (2).
-a
Minimum aantal uitgelijnde kolommen (2).
-b
Maximum aantal uitgelijnde kolommen (50).
-w
Aanvankelijk aantal uitgelijnde kolommen (20).
-d
Dirichlet mengsel bestand.
-D
Pseudotelling verwijderen (0.1).
-E
Pseudotelling zonder verwijdering (2.0).
-I
Invoeging pseudocount (0.02).
-J
Pseudotelling zonder invoeging (1.0).
-q
Gewicht voor generieke versus sequentie-set-specifieke residu-abundanties (1e + 99).
-t
Begintemperatuur (1.2).
-c
Koelfactor per aantal iteraties (1.44).
-u
Temperatuur ondergrens (0.1).
-p
Druk voortgangsinformatie af bij elke iteratie.
-m
Kolomsteekproefbewegingen per locatiesteekproefbeweging (1.0).
-x
Site-sampling-algoritme: 0=SNEL 1=LANGZAAM 2=FFT (0).
-s
Zaad voor pseudo-willekeurige getallen (1).
Gebruik glam2 online met behulp van onworks.net-services
