gmx-rotacf - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-rotacf - Bereken de rotatiecorrelatiefunctie voor moleculen

KORTE INHOUD

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[nu] [-xvg ] [-[knikken] [-[nee] gemiddeld]
[-acflen ] [-[nee]normaliseren] [-P ]
[-fitfn ] [-beginnen ] [-eindfit ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx rotacf berekent de rotatiecorrelatiefunctie voor moleculen. Atoom drieling
(i,j,k) moet worden opgegeven in het indexbestand, waarbij twee vectoren ij en jk worden gedefinieerd. De rotatie
ACF wordt berekend als de autocorrelatiefunctie van de vector n = ij x jk, dwz de
kruisproduct van de twee vectoren. Aangezien drie atomen een vlak overspannen, de volgorde van de drie
atomen maakt niet uit. Eventueel door een beroep te doen op de -d schakelen, kunt u de berekenen
rotatiecorrelatiefunctie voor lineaire moleculen door atoomparen (i,j) te specificeren in de
index bestand.

Voorbeelden

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 - fft -n index -o rotacf-x-P1 -fa exfit-x-P1 -beginnen 2.5
-eindfit 20.0

Hiermee wordt de rotatiecorrelatiefunctie berekend met behulp van een eerste orde Legendre
polynoom van de hoek van een vector gedefinieerd door het indexbestand. De correlatiefunctie
wordt gefit van 2.5 ps tot 20.0 ps naar een exponentieel met twee parameters.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[knikken (Nee)
Gebruik indexdoubletten (vectoren) voor correlatiefunctie in plaats van tripletten (vlakken)

-[nee] gemiddeld (Ja)
Gemiddeld over moleculen

-acflen (-1)
Lengte van de ACF, standaard is de helft van het aantal frames

-[nee]normaliseren (Ja)
ACF normaliseren

-P (0)
Order of Legendre polynoom voor ACF (0 geeft niets aan): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Geen)
Fit-functie: geen, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginnen (0)
Tijd waar de exponentiële aanpassing van de correlatiefunctie moet beginnen

-eindfit (-1)
Tijd waar de exponentiële fit van de correlatiefunctie moet eindigen, -1 is tot de
einde

Gebruik gmx-rotacf online met behulp van onworks.net-services