Dit is de opdracht gt-tirvish die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt-tirvish - Identificeer Terminal Inverted Repeat (TIR) elementen, zoals DNA-transposons.
KORTE INHOUD
gt tirvisch [optie ...] -index INDEXNAME
PRODUCTBESCHRIJVING
-inhoudsopgave [snaar]
specificeer de naam van de uitgebreide suffix array-index (verplicht) (standaard: niet gedefinieerd)
-zaad [waarde]
specificeer de minimale zaadlengte voor exacte herhalingen (standaard: 20)
-mintrilen [waarde]
specificeer de minimumlengte voor elke TIR (standaard: 100)
-maximaal [waarde]
specificeer de maximale lengte voor elke TIR (standaard: 1000)
-ministerie [waarde]
specificeer de minimale afstand van TIR's (standaard: 500)
-maxtirdist [waarde]
specificeer de maximale afstand van TIR's (standaard: 10000)
-Mat [waarde]
specificeer matchscore voor extension-alignment (standaard: 2)
-mis [waarde]
specificeer mismatchscore voor extension-alignment (standaard: -2)
-ins [waarde]
specificeer insertionscore voor extension-alignment (standaard: -3)
-van de [waarde]
specificeer deletionscore voor extension-alignment (standaard: -3)
-xdrop [waarde]
specificeer xdropbelowscore voor extensie-uitlijning (standaard: 5)
vergelijkbaar [waarde]
specificeer de TIR-overeenkomstdrempel in het bereik [1..100%] (standaard: 85.000000)
-overlappingen [...]
specificeer no|best|longest|all (standaard: best)
-mintsd [waarde]
specificeer de minimale lengte voor elke TSD (standaard: 2)
-maxtsd [waarde]
specificeer de maximale lengte voor elke TSD (standaard: 11)
-vic [waarde]
specificeer het aantal nucleotiden (links en rechts) dat zal worden doorzocht
voor TSD's rond de 5'- en 3'-grens van voorspelde TIR's (standaard: 60)
-hmmm
profiel HMM-modellen voor domeindetectie (gescheiden door spaties, eindigen met --) in HMMER3
formaat Sla deze optie over om zoeken met pHMM uit te schakelen.
-pkoepelvalafsnijding [waarde]
globale E-waarde-grenswaarde voor pHMM-zoekstandaard 1E-6
-pdomafsluiting [...]
modelspecifieke score-cutoff kies uit TC (trusted cutoff) | GA (afsluiting verzamelen) |
GEEN (geen cutoffs) (standaard: GA)
-maxgaplen [waarde]
maximaal toegestane spleetgrootte tussen fragmenten (in aminozuren) bij het koppelen van pHMM-hits
voor een eiwitdomein (standaard: 50)
-verwijzingen [snaar]
specificeer de naam van de gensequenties die moeten worden gescand op binnenkandidaten (standaard:
ongedefinieerd)
-sequids [ja|nee]
gebruik sequentiebeschrijvingen in plaats van sequentienummers in GFF3-uitvoer (standaard: ja)
-md5 [ja|nee]
voeg MD5-hashes toe aan seqids in GFF3-uitvoer (standaard: nee)
-Help
help weergeven voor basisopties en afsluiten
-help+
help voor alle opties weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt-tirvish online met onworks.net-services
