hmmer - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

HMMER - profiel HMM's voor biologische sequentieanalyse

KORTE INHOUD

hmm uitlijnen
Lijn sequenties uit op een profiel

hmm bouwen
Construeer profiel(en) uit meerdere sequentie-uitlijning(en)

hmmconverteren
Converteer profielbestand naar verschillende HMMER- en niet-HMMER-indelingen

hmmm
Voorbeeldreeksen uit een profiel

hmm ophalen
Profiel-HMM('s) ophalen uit een bestand

hmpgmd
Daemon gebruikt voor hmmer.org webserver, voor phmmer-, hmmsearch- en hmmscan-achtig zoeken

hmmdruk
Maak een HMM-database voor hmmscan

hmmscan
Zoek eiwitsequentie(s) tegen een eiwitprofieldatabase

hmmzoeken
Zoek eiwitprofiel(en) tegen een database met eiwitsequenties

hmm sim
Verzamel profielscoreverdelingen op willekeurige reeksen

hmmstat
Overzichtsstatistieken voor een profielbestand

jackhmmer
Iteratief zoeken van een eiwitsequentie tegen een database met eiwitsequenties

num
Zoek nucleotidesequentie(s), uitlijning(en) of profiel(en) tegen een nucleotidesequentie
databank

nhmmscan
Zoek nucleotidesequentie(s) tegen een nucleotideprofieldatabase

phmmer
Zoek een eiwitsequentie(s) tegen een database met eiwitsequenties

PRODUCTBESCHRIJVING

HMMER is een suite van verschillende programma's voor biologische sequentie-uitlijning en database
homologie zoeken. Het maakt gebruik van probabilistische modellen genaamd "profile hidden Markov models"
(profiel HMM's) om de waarschijnlijke evolutionaire homologen van een enkele sequentie weer te geven of een
meervoudige uitlijning van een sequentiefamilie. Een van de belangrijkste onderzoeksroutes is het verbeteren van de
evolutionaire voorspellende modellen in HMMER om te kunnen herkennen en nauwkeurig uit te lijnen
steeds verder verwijderde homologen, verder weg in de tijd.

HMMER wordt ook gebruikt als een organisatorisch hulpmiddel om het exponentieel groeiende aantal te groeperen
biologische sequenties in een veel kleinere set van goed geannoteerde sequentiefamilies. Nieuw
sequenties kunnen worden geannoteerd door vergelijking met gecureerde sequentiefamiliedatabases van
vooraf gebouwde HMMER-profielen, naast of in plaats van vergelijking met de hele reeks
databank. Databases als onder andere Pfam, SMART en TIGRfams zijn hierop gebaseerd
beginsel.

HMMER wordt in drie hoofdmodi gebruikt: om een ​​sequentiedatabase te doorzoeken op nieuwe homologen van a
sequentie of een sequentiefamilie; om een ​​profieldatabase (zoals Pfam) te doorzoeken om te vinden wat bekend is
familie waartoe een zoekreeks behoort, of welke domeinen deze heeft; en automatisch construeren
grote meervoudige uitlijningen (dwz met een in feite onbeperkt aantal sequenties) met behulp van een
profiel dat representatief is voor een sequentiefamilie.

Stel dat u een meervoudige sequentie-uitlijning heeft van een interessante sequentiefamilie, en u
een sequentiedatabase wilt doorzoeken op aanvullende homologen. De hmm bouwen programma bouwt
profiel(en) van meerdere uitlijning(en). De hmmzoeken programma zoekt eiwitprofiel(en)
tegen een database met eiwitsequenties, en num zoekt nucleotideprofiel(en) tegen a
database met nucleotidesequenties.

Stel dat u een enkele interessante sequentie heeft en u wilt een database met sequenties doorzoeken
voor extra homologen. De phmmer programma zoekt een enkele eiwitsequentie tegen een
database met eiwitsequenties. De jackhmmer programma doet hetzelfde, maar iteratief --
homologen die in een vorige ronde zijn gedetecteerd, worden opgenomen in een nieuw profiel en het nieuwe
profiel wordt opnieuw gezocht. phmmer wordt gebruikt als BLASTP, en jackhmmer wordt gebruikt als een
eiwit PSI-BLAST. De num programma zoekt een enkele nucleotidesequentie tegen a
nucleotide volgorde.

Stel dat u sequentie(s) hebt die u wilt analyseren met behulp van een op HMMER gebaseerd profiel HMM
database zoals Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). De hmmdruk programma formatteert een profiel HMM
flatfile (zoals het bestand dat u zou downloaden van Pfam) in een HMMER binaire database.
De hmmscan programma zoekt eiwitsequentie(s) tegen die database. De nhmmscan
programma kan op dezelfde manier nucleotidesequentie(s) zoeken in een geperste database van
nucleotide profielen, zoals van Dfam (http://dfam.janelia.org).

Stel dat u veel reeksen wilt uitlijnen. Je kunt een beheersbaar klein construeren
uitlijning van een representatieve reeks sequenties, bouw een profiel mee op hmm bouwen, en gebruik de
hmm uitlijnen programma om een ​​willekeurig aantal sequenties op dat profiel af te stemmen.

HMMER bevat ook enkele hulptools voor het werken met grote profieldatabases.
hmm ophalen haalt een of meer profielen uit een database. hmmstat drukt samenvattende statistieken af
over een profielbestand.

Voor compatibiliteit met andere profielsoftware en eerdere versies van HMMER, de
hmmconverteren programma converteert profielen naar een paar andere formaten. We zijn van plan om meer ondersteuning toe te voegen
voor andere formaten in de loop van de tijd.

De hmmm programma genereert (simuleert) "homologe" reeksen door te bemonsteren uit een
profiel. Het kan ook een "consensus"-reeks genereren.

De hmm sim programma is een simulator die wordt gebruikt voor het verzamelen van statistieken over scoreverdelingen
op willekeurige reeksen.

Elk programma heeft zijn eigen man-pagina.

Gebruik hmmer online met behulp van onworks.net-services