Dit is de opdracht die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ntthal - Biedt de uitlijningsfunctionaliteit van Primer3 op basis van de dichtstbijzijnde buur
thermodynamische benadering
PRODUCTBESCHRIJVING
nietthaal is analoog aan ntdpal. Tussen twee reeksen, nietthaal vindt uitlijning/sec
structuur, die de hoogste smelttemperatuur heeft. Ntthal is gebaseerd op de dichtstbijzijnde buur
thermodynamische benadering.
KORTE INHOUD
nietthaal OPTIES oligo
OPTIES
-mv monovalent_conc - concentratie van monovalente kationen in mM, standaard 50 mM
-dv divalent_conc - concentratie van tweewaardige kationen in mM, standaard 0 mM
-n dNTP_conc - concentratie van deoxynycleotidetrifosfaat in mM, standaard 0
mM
-d dna_conc - concentratie van DNA-strengen in nM, standaard 50 nM
-a modus - uitlijningstype, END1, END2, ANY en HAIRPIN, standaard ELKE (wanneer
dubbelzijdig)
-t temp - temperatuur waarbij duplex wordt berekend, standaard 37C
-r - zorgt ervoor dat de uitlijning NIET wordt weergegeven op stderr, _only_ Tm is
afgedrukt
-maxloop grootte - de maximale grootte van lussen van secundaire structuren.
De standaardwaarde is 30 (dit is momenteel de maximaal toegestane lengte).
-pad - het pad naar de thermodynamische parameterbestanden
-s1 DNA_oligomeer
-s2 DNA_oligomeer
AUTEURS
Deze handleidingpagina is gemaakt door Andreas Tille[e-mail beveiligd]> help2man gebruiken voor Debian
maar kan vrijelijk voor andere doeleinden worden gebruikt
Gebruik ntthal online met behulp van onworks.net-services
