Dit is de opdracht obminimize die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
minimaliseren — optimaliseer de geometrie, minimaliseer de energie voor een molecuul
KORTE INHOUD
minimaliseren [OPTIES] bestandsnaam
PRODUCTBESCHRIJVING
De obminimize-tool kan worden gebruikt om de energie voor moleculen in (multi-)moleculen te minimaliseren
bestanden (bijv. MOL2, enz.)
OPTIES
Als er geen bestandsnaam is opgegeven, geeft obminimize alle opties, inclusief de beschikbare
krachtvelden.
-n stappen
Specificeer het maximum aantal stappen (standaard=2500)
-cg Algoritme voor geconjugeerde gradiënten gebruiken (standaard)
-sd Gebruik het algoritme voor de steilste afdaling
-c criteria
Stel convergentiecriteria in (standaard=1e-6)
-ff krachtveld
Selecteer het krachtveld
Voorbeelden
Bekijk de mogelijke opties, inclusief beschikbare krachtvelden:
minimaliseren
Minimaliseer de energie voor de molecule(n) in bestand test.mol2:
obminimaliseer test.mol2
Minimaliseer de energie voor de molecule(n) in bestand test.mol2 met behulp van het Ghemical forcefield:
obminimize -ff Chemische test.mol2
Minimaliseer de energie voor de molecule(n) in bestand test.mol2 door maximaal 300 geometrieën te nemen
optimalisatie stappen
obminimaliseer -n 300 test.mol2
Minimaliseer de energie voor de molecule(n) in bestand test.mol2 met behulp van de steilste afdaling
algoritme en convergentiecriteria 1e-5:
obminimaliseren -sd -c 1e-5 test.mol2
Gebruik obminimize online met behulp van onworks.net-services
