Dit is het commando Perseus dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
AmpliconNoise - verwijder ruis uit nucleotidesequentiegegevens met hoge doorvoer
VERSIE
Deze documentatie verwijst naar versie 1.22
KORTE INHOUD
Bekijk /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz voor details over hoe u moet rennen.
PRODUCTBESCHRIJVING
De volgende tools zijn inbegrepen. De meeste hebben bijvoorbeeld een MPI-equivalent
SeqNoise heeft een equivalente SeqNoiseM die kan worden gebruikt met mpirun.
FastaUniek - derepliceert fasta-bestand
-in string invoer bestandsnaam
Opties:
FCluster
-in string afstand invoer bestandsnaam
-out string uitvoerbestand stub
Opties:
-r resolutie
-een gemiddelde koppeling
-w gebruik gewichten
-ik lees identifiers
-s schaal afst.
NAfst - paarsgewijze Needleman-Wunsch reeksafstandsmatrix uit een fasta-bestand
-in string fata-bestandsnaam
Opties:
-i output-ID's
Perseus - doodt monsters
-sin string seq bestandsnaam
Opties:
-tin string referentiereeksbestand
-een uitvoer uitlijningen
-d gebruik onbalans
-rin string lookup bestandsnaam
PyroAfst - paarsgewijze afstandsmatrix van stroomgrammen
-in string stroom bestandsnaam
-out stomp uit bestandsstub
Opties:
-ni geen index in dat-bestand
-rin string lookup bestandsnaam
PyroGeluid - clusters stroomschema's zonder uitlijningen
-din string stroom bestandsnaam
-out string cluster invoerbestandsnaam
-lin string lijst bestand
Opties:
-v uitgebreid
-c dubbele initiële cut-off
-ni geen index in dat-bestand
-s dubbele precisie
-rin bestandsnaam opzoekbestand
SeqAfst - paarsgewijze afstandsmatrix van een fasta-bestand
-in string fasta bestandsnaam
Opties:
-i output-ID's
-rin string lookup bestandsnaam
Volgruis - clusters sequenties
-in tekenreeksreeks bestandsnaam
-din string afstand matrix bestandsnaam
-out string cluster invoerbestandsnaam
-lin string lijst bestand
Opties:
-min toewijzingsbestand
-v uitgebreid
-c dubbele initiële cut-off
-s dubbele precisie
-rin string lookup bestandsnaam
SplitsenClusterEven
-din string dat bestandsnaam
-min string map bestandsnaam
-tin string boom bestandsnaam
-s gesplitste maat
-m min maat
Gebruik Perseus online met behulp van onworks.net-services
