Dit is de opdracht probalign die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
probalign - Lijn sequenties uit in MFAFILE(s) en druk resultaat af naar standaarduitvoer
PRODUCTBESCHRIJVING
PROBALIGN versie 1.4 (november 2010) lijnt meerdere eiwitsequenties en prints uit met de
standaard uitvoer. Geschreven door Satish Chikkagoudar en Usman Roshan met code van PROBCONS
versie 1.1 (geschreven door Chuong Do) en gebaseerd op probA (geschreven door Ulrike Muckstein).
PROBALIGN 1.4 wordt geleverd met ABSOLUUT GEEN GARANTIE. Dit is gratis software, en dat ben jij ook
welkom om het onder bepaalde voorwaarden opnieuw te distribueren. Zie het README-bestand voor details.
Gebruik:
waarschijnlijk [OPTIE]... [MFAFILE]...
Beschrijving:
Lijn reeksen in MFAFILE(s) uit en print het resultaat naar standaarduitvoer
-clusterw
gebruik het CLUNSTALW-uitvoerformaat in plaats van MFA
-v, --uitgebreid
voortgang rapporteren tijdens het uitlijnen (standaard: uit)
-a, --uitlijningsvolgorde
reeksen afdrukken in uitlijnvolgorde in plaats van invoervolgorde (standaard: uit)
-T, -temperatuur
Stelt de thermodynamische temperatuurparameter in
(standaard: 5 (voor eiwitgegevensmodus), 1 (voor nucleotidegegevensmodus)).
-score_matrix, --score_matrix
Stelt het type scorematrix in dat wordt gebruikt om de posterieure kansen te berekenen
(standaard: gonnet_160, vertegenwoordigt gonnet 160, zie README voor details)
-Gaan, --gat-open
Deze optie kan worden gebruikt om de parameter voor open ruimte te specificeren. De standaardwaarde voor Gonnet
160 (eiwit) is 22 en nucleotide (eenvoudige matrix) is 4.
-geven, --gap-extensie
Deze optie kan worden gebruikt om de parameter voor de uitbreiding van de opening op te geven. De standaard voor
Gonnet 160 (eiwit) is 1 en nucleotide (eenvoudige matrix) is 0.25.
-nuc
Geef deze optie op om aan te geven dat ingevoerde sequenties nucleotidesequenties zijn
-prot
Geef deze optie op om aan te geven dat ingevoerde sequenties eiwitsequenties zijn
[STANDAARD]
-toonPP
Voert de posterieure kansen van uitlijningskolommen uit als een nieuwe reeks met de naam
Posterieure waarschijnlijkheden (de waarschijnlijkheidswaarden worden geschaald tussen gehele getallen
tussen 0 en 9).
Gebruik probalign online met behulp van onworks.net-services