progressiveMauve - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

progressiveMauve - efficiënt construeren van meerdere genoomuitlijningen

PRODUCTBESCHRIJVING

progressiveMauve gebruik:

Wanneer elk genoom zich in een apart bestand bevindt: progressiveMauve [opties]
...

Als alle genomen in één bestand staan: progressiveMauve [opties]

OPTIES

--eiland-gap-grootte=Uitlijningsgaten boven deze grootte in nucleotiden worden beschouwd als:
eilanden zijn [20]

--profiel=(Nog niet geïmplementeerd) Lees een bestaande sequentie-uitlijning in XMFA-formaat
en lijn het uit met andere sequenties of uitlijningen

--apply-backbone=Lees een bestaande sequentie-uitlijning in XMFA-formaat en pas toe
ruggengraatstatistieken ervoor

--uitschakelen-ruggengraat Backbone-detectie uitschakelen

--moeders Vind alleen MUM's, probeer niet om lokaal collineaire blokken (LCB's) te bepalen

--zaadgewicht=Gebruik het opgegeven zaadgewicht voor het berekenen van initiële ankers

--uitvoer=Naam van uitvoerbestand.
Drukt standaard af op het scherm

--backbone-uitvoer=Naam van backbone-uitvoerbestand (optioneel).

--match-invoer=Gebruik het opgegeven overeenkomstbestand in plaats van te zoeken naar overeenkomsten

--input-id-matrix=Een identiteitsmatrix die gelijkenis tussen alle invoerparen beschrijft
sequenties/uitlijningen

--max-opening-aligner-lengte=Maximaal aantal basenparen om mee te proberen uit te lijnen
de gapped aligner

--input-guide-tree=Een fylogenetische gidsboom in NEWICK-formaat die de . beschrijft
volgorde waarin sequenties worden uitgelijnd

--output-guide-tree=Schrijf de gidsboom op die wordt gebruikt voor uitlijning met een bestand

--versie Informatie over softwareversie weergeven

--debuggen Uitvoeren in debug-modus (voer interne consistentiecontroles uit - erg traag)

--scratch-pad-1=Wijs een pad aan dat kan worden gebruikt voor tijdelijke gegevensopslag.
Er moeten twee of meer paden worden opgegeven.

--scratch-pad-2=Wijs een pad aan dat kan worden gebruikt voor tijdelijke gegevensopslag.
Er moeten twee of meer paden worden opgegeven.

--collineair Neem aan dat invoerreeksen collineair zijn - ze hebben geen herschikkingen

--scoring-schema=Selecteert de verankeringsscorefunctie.
Standaard is bestaande som van paren (sp).

--geen-gewicht-schaling Schaal LCB-gewichten niet op behoudsafstand en breekpunt
afstand

--max-breekpunt-afstand-schaal=Stel de maximale gewichtsschaal in met
breekpunt afstand.
Standaard ingesteld op 0.5

--behoud-afstand-schaal=Schaal conserveringsafstanden met dit bedrag.
Standaard ingesteld op 0.5

--spier-args=Extra opdrachtregelopties voor MUSCLE.
Alle aanhalingstekens moeten worden geëscaped met een backslash

--overslaan-verfijning Voer geen iteratieve verfijning uit

--skip-gapping-uitlijning Voer geen gapped uitlijning uit

--bp-afst-schatting-min-score=Minimale LCB-score voor het schatten van het paarsgewijze breekpunt
afstand

--mem-schoon Stel dit in op true bij het debuggen van geheugentoewijzingen

--gap-open=Gap open penalty

--herhaal-boete=Stelt in of de herhalingsscores negatief worden of naar nul gaan
voor zeer repetitieve sequenties.
Standaard is negatief.

--gap-uitbreiden=Gap verlengen straf

--substitutie-matrix=Nucleotidesubstitutiematrix in NCBI-formaat

--gewicht=Minimale paarsgewijze LCB-score

--min-schaal-boete=Minimum breakpoint penalty na schaal van de penalty met
verwachte divergentie

--hmm-p-go-homoloog=Waarschijnlijkheid van overgang van het niet-verwante naar het
homologe staat [0.00001]

--hmm-p-go-unrelated=Waarschijnlijkheid van overgang van homoloog naar
niet-gerelateerde status [0.000000001]

--hmm-identiteit=Verwacht niveau van sequentie-identiteit tussen paren sequenties,
variërend tussen 0 en 1 [0.7]

--zaad-familie Gebruik een familie van zaadjes op afstand om de gevoeligheid te verbeteren

--vaste-zaden Gebruik vaste zaden. Sta geen vervangingen toe in ankerwedstrijden.

--codeerzaden Gebruik codeerpatroonzaden. Nuttig om overeenkomsten te genereren die regio's coderen met
3e codonpositie degeneratie.

--cache uitschakelen Schakel recursieve ankerzoekcache uit om een ​​crashfout te omzeilen

--geen-recursie Recursief anker zoeken uitschakelen

Voorbeelden

progressiveMauve --output=my_seqs.xmfa mijn_genome1.gbk mijn_genome2.gbk mijn_genome3.fasta

Als genomen zich in een enkel bestand bevinden en geen herschikking hebben: progressiveMauve --collinear
--output=mijn_seqs.xmfa mijn_genomes.fasta

ProgressiveMauve online gebruiken met onworks.net-services