xbs - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

xbs - modellering van bal- en stokmoleculen

KORTE INHOUD

xbs [-id] [-h] [-geo gg] [-sc x] [-kleur]
[-T titel] [-bw] [-st] [-rv] [-autokleur]
[-hh]

PRODUCTBESCHRIJVING

xbs maakt gebruik van X-window-graphics om ball-and-stick-plots te produceren. Het leest coördinaten en
andere gegevens uit een invoerbestand id.bs (bijv. ch4.bs) en mogelijk verschillende "frames" met
verschoven coördinaten uit een hulpverplaatsingsbestand Idd.mv (bijvoorbeeld ch4.mv). De standaardbestanden
zijn in.bs en in.mv In de Debian-distributie, zie de voorbeeldinvoerbestanden en het script in
/usr/share/doc/xbs/voorbeelden.

OPTIES

-geo gg
venstergeometrie instellen

-sc x
schaalfactor instellen

-t titel
venstertitel instellen

-kleur
gebruik kleur

-bw z/w met gladde grijstinten

-st z/w met gestippelde grijstinten

-rv omgekeerde kleuren

-autokleur
eigen kleuren gekozen

-hh lange hulp

-geo gg
venstergeometrie instellen

INVOER FORMAT

In een eenvoudig geval zou een bestand ch4.bs er als volgt uit kunnen zien:

atoom C 0.000 0.000 0.000
atoom H 1.155 1.155 1.155
atoom H -1.155 -1.155 1.155
atoom H 1.155 -1.155 -1.155
atoom H -1.155 1.155 -1.155

specificatie C 1.000 0.7
specificatie H 0.700 1.00

obligaties CC 0.000 4.000 0.109 1.00
obligaties CH 0.000 3.400 0.109 1.00
obligaties HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Hiermee worden de coördinaten in het formaat ingesteld
atoomsoort xyz

en hoe je elke atoomsoort in het formaat tekent
specificatienaam straalkleur

en hoe je obligaties tekent, in het formaat obligaties naam1 naam2 min-lengte max-lengte straal kleur

Een verplaatsingsbestand bevat extra frames zoals deze:

frame Dit is frame nummer twee
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

Na het sleutelwoord 'frame' komt een identificerende string, gevolgd door de coördinaten voor alles
de atomen. Lijneinden kunnen overal tussen de coördinaten verschijnen.

Er zijn ook andere invoerregels mogelijk, namelijk de regels die parameters instellen (zie hieronder).
Voorbeeld: 'inc 5' stelt de stapgrootte voor de rotatie in op 5 graden.

In beide bestanden zijn regels die beginnen met * en lege regels commentaar.

GEBRUIK

Na het starten van het programma met 'xbs ch4' kan de plot direct worden bestuurd door te selecteren
sleutels. Om het molecuul te roteren gebruikt u bijvoorbeeld de cursortoetsen en de toetsen "," en "." De
de laatste twee zijn gekozen omdat ze onder "<" en ">" staan, wat op pijlen lijkt. Stappen
om door de frames te bladeren om een ​​"film" te tonen, gebruik de toetsen '[' en ']'. Er zijn nog een aantal andere sleutels
gedefinieerd om direct te functioneren. Meer gecompliceerde functies worden uitgevoerd door op 'i' te drukken om te krijgen
een invoerregel en typ vervolgens een opdracht. Gebruik 'xbs -hh' om informatie over sleutels en te krijgen
commando's.

Grootte: Toetsen '+' en '-' maken het plot groter of kleiner.

Perspectief: Toets p schakelt het perspectief. Standaard is uitgeschakeld. Voor pseudoperspectief, de
bolgroottes zijn afhankelijk van de afstand tot de kijker, maar de posities op de pagina zijn dat wel
onveranderd. Voor een echt perspectief veranderen de maten en de posities beide. De kracht
van het perspectiefeffect hangt af van de afstand tot de kijker, die wordt weergegeven in de afbeelding
status lijn. Het kan worden gewijzigd met de toetsen 'd' en 'D' of kan rechtstreeks met een commando worden ingesteld
'afst'. (Opmerking: als u te dichtbij komt en het gezichtspunt in een atoom plaatst, wordt het programma
zal proberen het hele universum te kleuren, wat erg lang duurt).

Belichting: commando 'gramp slope middle' vergrijst de atomen achterin exponentieel
oprit. Commando 'light xyz' verduistert de atomen enigszins alsof licht langs de vector schijnt
(x,y,z). Deze opdrachten werken alleen in de zwart/wit-modus. Om terug te keren naar de normale kleuring:
voer 'gramp' of 'light' in zonder argumenten.

Positionering: Toetsenbordtoetsen 8,6,4,2 verplaatsen de plot met een stap dpos (wat kan zijn
ingesteld door het commando 'dpos'). Toetsenbordtoets '*' slaat de huidige positie op als 'thuis' (of gebruik
commando 'pos' om de thuispositie direct in te stellen). Toetsenbordtoets 7 verplaatst de plot naar huis.
Posities zijn relatief ten opzichte van het midden van het venster.

Opslaan: het commando 'save' schrijft de gegevens naar een bestand (standaard Save.bs). Als er meerdere zijn
frames, wordt er ook een verplaatsingsbestand geschreven. Het commando 'opslaan' heeft enkele opties, zie hieronder.

Afdrukken: het commando 'print' schrijft uitvoer naar een postscript-bestand, standaard het bestand
'Bs.ps'. Een printbestand blijft open totdat het expliciet wordt gesloten. Op deze manier meerdere percelen
kunnen op dezelfde pagina worden geplaatst, met behulp van de cursortoetsen op het toetsenbord om de subplots te verschuiven
op de pagina. Het 'print'-commando heeft enkele opties, zie hieronder.

ONLINE KLANTENSERVICE

Het typen van 'xbs -h' en 'xbs -hh' geeft korte respectievelijk lange hulp.

Na het starten van xbs schakelt toets 'h' een overzicht in. Dit is dezelfde informatie als nu
verkregen met 'xbs -hh'.

Gebruik op de invoerregel 'help print' of 'print ?' of zelfs 'print -h' om hulp te krijgen bij a
specifieke opdracht zoals (in dit geval) print. Deze hulp toont ook eventuele opties
voor de opdracht.

Met de spatiebalk schakelt u tussen extra informatie over de plot die in het venster wordt geschreven.

COMMANDO'S

1. Kleur:

- Een kleur wordt opgegeven als een getal tussen 0 en 1 (grijswaarde), drie cijfers
tussen 0 en 1 (rood-, groen-, blauwwaarden of RGB), of als kleurnaam uit het bestand
/usr/lib/X11/rgb.txt (of vergelijkbaar).

- In het invoerbestand wordt de kleur van elke soort of binding op deze drie manieren ingesteld.

- De volgende xbs-opties hebben betrekking op kleur: -kleuren inschakelen (standaard) bw
gebruikt alleen grijzen -st gebruikt alleen grijzen, gestippeld uit een paar waarden -rv reverse all
kleuren - kies automatisch eigen kleuren. Deze kun je met de update interactief wijzigen
commando. Voor de consistentie is zwart nu 0 en wit 1. De -rv optie schakelt dit om.
De enige reden om -bw of -st te gebruiken is dat de commando's 'light' en 'gramp' niet werken
met kleuren.

- De '-auto' optie wordt gebruikt om de atomen op een standaard manier te kleuren. Deze kleuren zijn
ingesteld in routine 'set_auto_colors' in bestand subs.h. Vertrekkend van het soortlabel (d.w.z. Pd3
of Mg-a) het leidende alfagedeelte wordt geëxtraheerd en gekapitaliseerd (dat wil zeggen PD of MG) en dit
string wordt gebruikt om een ​​kleur te selecteren. Het idee is om je favoriete kleuren in de kleur te stoppen
routine en compileer vervolgens xbs opnieuw.

- Het commando 'kleur' ​​verandert de kleuren van atomen interactief, dwz. 'kleur C* groen'
verandert de kleur van alle overeenkomende soorten. Om de kleur van een soort weer te geven, gebruik je de
commando zonder een kleur op te geven (bijvoorbeeld 'kleur C1' of 'kleur C-a').

- Wanneer gegevens worden opgeslagen met het commando 'opslaan', de huidige kleuren (zoals ingesteld met 'kleur')
worden opgeslagen als een string. Met 'save -rgb' worden de RGB-waarden geschreven in plaats van kleur
namen. Als de optie -rv wordt gebruikt, worden de omgekeerde kleuren opgeslagen als RGB-waarden.

2. Sommige opdrachten hebben opties, bijv. afdrukken, opslaan, bijwerken. Bijvoorbeeld:

print -T print en voeg wat informatie toe als titel

print -t 'tekst ....' print en plaats tekst als titel

update -rv update maar schakel achteruitrijden in

update +rv update maar schakel achteruitrijden uit

update -bw update maar schakel over naar zwart/wit

save -rgb sla op met kleuren als RGB-waarden

save -step n save met slechts elk n-de frame
(goed om een ​​groot .mv-bestand te comprimeren).

Gebruik 'help update' enz. op de invoerregel om de opties te bekijken.

3. Patroonmatching voor atoomlabels: * komt overeen met elke string, + elke char.
Dit kan gebruikt worden in het commando 'kleur' ​​en in de regels 'obligaties' in het invoerbestand
(die bepalen welke obligaties worden getrokken). Met 'obligaties C* H* ...' selecteert u bijvoorbeeld alles
banden tussen
atomen zoals C1 en H34 etc. en 'bindings * * ...' selecteert alle paren.

4. Overige diverse wijzigingen:

- Toets 'a' geeft de asrichtingen weer.

- Toets 'n' toont atoomnamen of -nummers. Toets 'c' toont de coördinaten.

- Om een ​​postscript printbestand te sluiten gebruikt u het commando 'close'.

- Commando 'dup xyz' dupliceert alle atomen verschoven met (x,y,z).

- Commando 'cut xyzab' knipt naar de atomen tussen a en b
langs de vector (x,y,z).

- De invoerregel heeft een geschiedenislijst om oude commando's op te halen.
Gebruik de pijlen omhoog en omlaag als de invoerregel actief is.

- Op sommige systemen werkt de backspace-toets niet om de
invoerlijn. Daarom werd gedefinieerd dat de pijl-links-toets heeft
ook de backspace-functie.

Gebruik xbs online met behulp van onworks.net-services