Dit is de Linux-app genaamd BisSNP om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als BisSNP-1.0.0.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer online deze app met de naam BisSNP uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
BisSNP om online in Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Nu in Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP is een pakket gebaseerd op het Genome Analysis Toolkit (GATK) map-reduce framework voor genotypering in met bisulfiet behandelde massaal parallelle sequencing (Bisulfite-seq, NOMe-seq en RRBS) op het Illumina-platform. Het maakt gebruik van bayesiaanse gevolgtrekking met handmatig gespecificeerde of automatisch geschatte methylatiekansen van verschillende cytosinecontext (niet alleen CpG, CHH, CHG in Bisulfite-seq, maar ook GCH et.al. in andere met bisulfiet behandelde sequencing) om genotypen en methylatieniveaus tegelijkertijd te bepalen . Het werkt voor zowel single-end als paired-end reads. Specificiteit en gevoeligheid zijn gevalideerd door Illumina IM SNP-array. In standaarddrempel 30X-gegevens (Phred-schaalscore> 20), zou het 92.21% heterozygote SNP's kunnen detecteren met 0.14% vals-positief. Google-groep voor hulp: http://goo.gl/zL7Nj
Kenmerken
- SNP-beller
- methylatie beller
- Bisulfiet-seq/NOMe-seq/RRBS
- genotypering
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Perl, Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
