EngelsFransSpaans

OnWorks-favicon

BisSNP om te draaien in Linux online download voor Linux

Gratis download BisSNP om te draaien in Linux online Linux-app om online te draaien in Ubuntu online, Fedora online of Debian online

Dit is de Linux-app genaamd BisSNP om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als BisSNP-1.0.0.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.

Download en voer online deze app met de naam BisSNP uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.

Volg deze instructies om deze app uit te voeren:

- 1. Download deze applicatie op uw pc.

- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.

- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.

- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.

- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.

- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.

BisSNP om online in Linux te draaien


Ad


PRODUCTBESCHRIJVING

Nu in Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP is een pakket gebaseerd op het Genome Analysis Toolkit (GATK) map-reduce framework voor genotypering in met bisulfiet behandelde massaal parallelle sequencing (Bisulfite-seq, NOMe-seq en RRBS) op het Illumina-platform. Het maakt gebruik van bayesiaanse gevolgtrekking met handmatig gespecificeerde of automatisch geschatte methylatiekansen van verschillende cytosinecontext (niet alleen CpG, CHH, CHG in Bisulfite-seq, maar ook GCH et.al. in andere met bisulfiet behandelde sequencing) om genotypen en methylatieniveaus tegelijkertijd te bepalen . Het werkt voor zowel single-end als paired-end reads. Specificiteit en gevoeligheid zijn gevalideerd door Illumina IM SNP-array. In standaarddrempel 30X-gegevens (Phred-schaalscore> 20), zou het 92.21% heterozygote SNP's kunnen detecteren met 0.14% vals-positief. Google-groep voor hulp: http://goo.gl/zL7Nj

Kenmerken

  • SNP-beller
  • methylatie beller
  • Bisulfiet-seq/NOMe-seq/RRBS
  • genotypering


Toehoorders

Science / Research


Gebruikersinterface

Opdrachtregel


Programmeertaal

Perl, Java



Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.


Gratis servers en werkstations

Windows- en Linux-apps downloaden

  • 1
    AstrOrzPlayer
    AstrOrzPlayer
    AstrOrz Player is een gratis mediaspeler
    software, deels gebaseerd op WMP en VLC. De
    speler is in een minimalistische stijl, met
    meer dan tien themakleuren, en kan ook
    b ...
    AstrOrzPlayer downloaden
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV is een ADDON voor XBMC/
    Het is mogelijk dat u een
    decodificator van de IPTV-services
    Movistar is geïntegreerd in één van de los
    mediacentra ma...
    Movistartv downloaden
  • 3
    Code :: Blocks
    Code :: Blocks
    Code::Blocks is een gratis, open-source,
    platformonafhankelijke C, C++ en Fortran IDE
    gebouwd om aan de meest veeleisende behoeften te voldoen
    van zijn gebruikers. Het is ontworpen om zeer te zijn
    strekt zich uit...
    Code::Blokken downloaden
  • 4
    Te midden van
    Te midden van
    Midden of geavanceerde Minecraft-interface
    en Data/Structure Tracking is een hulpmiddel om
    een overzicht van een Minecraft weergeven
    wereld, zonder deze daadwerkelijk te creëren. Het
    kan ...
    Midden downloaden
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    MSYS2 is een verzameling tools en
    bibliotheken die u voorzien van een
    gebruiksvriendelijke omgeving om te bouwen,
    native Windows installeren en uitvoeren
    software. Het gaat om...
    MSYS2 downloaden
  • 6
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo is een JPEG-afbeeldingscodec
    die SIMD-instructies gebruikt (MMX, SSE2,
    NEON, AltiVec) om de basislijn te versnellen
    JPEG-compressie en -decompressie aan
    x86, x8...
    Libjpeg-turbo downloaden
  • Meer "

Linux-commando's

Ad