Dit is de Linux-app genaamd fcGENE: Genotype format converter waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als fcgene-1.0.7.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app met de naam fcGENE: Genotype-formaatconverter gratis met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
fcGENE: Genotype formaat converter
PRODUCTBESCHRIJVING
De hoofdtoepassing is tweeledig: ten eerste om genotype SNP-gegevens om te zetten in formaten van verschillende imputatietools zoals PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE en BIMBBAM, ten tweede om geïmputeerde gegevens om te zetten in verschillende bestandsformaten zoals PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT en SNPTEST.Leesbare bestandsformaten: plink-pedigree (ped en map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle en bimbam. Evenzo worden ook allerlei soorten toerekening van outputs geaccepteerd.
Formaten die kunnen worden gegenereerd door fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs en bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Verdere toepassing:
-?sjablonen verkrijgen van noodzakelijke imputatiecommando's en commando's van andere imputatietools
- Kwaliteitscontrole volgens MAF, HWE & CALLRATE.
trefwoorden: genotype transformatie, genotype formaat converteren, imputatie-output, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Kenmerken
- kan SNP-gewijs en individueel kwaliteitscontrole uitvoeren en kan gediskwalificeerde SNP's en individuen filteren terwijl gegevens worden getransformeerd
- kan tweerichtingsconversie van genotype SNP-gegevens uitvoeren (bijv. PLINK -> imputatietool en imputatietools -> PLINK) . Het kan zowel plink-geformatteerde stamboom- als binaire bestanden lezen en schrijven
- kan toegerekende SNP's filteren op basis van imputatiekwaliteitsscore
- kan sjablonen van opdrachten genereren GWA-analysetools
- converteert de genotypegegevens van het formaat van de ene imputatietool naar de andere.
- Transformatie van toerekeningsreferenties naar plink-formaat. Dit helpt om genotypegegevens te vergelijken met het referentiepaneel.
- kan SNP-gegevens in GenABEL-indeling maken van de gegevens die oorspronkelijk in verschillende andere indelingen zijn gegeven
- kan verschillend geformatteerde bestanden genereren die een verwachte dosis kleine allelfrequentie bevatten
- zeer nuttig voor onderzoekers die werken op het gebied van statistische genetica.
- geschreven in c++, gebruik van STL-containers
- kan gezipte bestanden lezen en schrijven
- kan FST berekenen met --fst commando
- kan standaard genotypegegevens lezen en schrijven met tellingen van allelen en alleldoses
- kan bestanden in vcf-formaat maken die worden gebruikt voor BEAGLE4
Programmeertaal
C + +
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
