Dit is de Linux-app genaamd FishingCNV waarvan de laatste release kan worden gedownload als FishingCNV_1.5.3.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam FishingCNV gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
vissenCNV
PRODUCTBESCHRIJVING
FishingCNV, een softwaretool die is ontwikkeld aan de McGill University, is een tool voor uitgebreide analyse van variaties in het zeldzame aantal kopieën in high-throughput exome-sequencinggegevens. De inputs zijn standaarddekkingsbestanden geproduceerd door Genome Analysis ToolKit (GATK), en de output is een bestand met vermeende CNV's.
Het programma komt in 2 verschillende releases
* GUI-versie (FishingCNV_X.XXzip)
* Commandoregelversie (FishingCNV_X.X_pipeline)
Blader door onze bestanden om de verschillende releases te vinden.
Kenmerken
- Grafische gebruikersinterface
- CNV-analyse voor gematchte test/controle (bijv. kanker/tumor)
- CNV-analyse voor niet-overeenkomende monsters
- Batch-effect verwijdering binnen de controleset
- Door tabs gescheiden uitvoer kan worden bekeken in Excel
- Extra uitvoerbestand kan worden gevisualiseerd in IGV
- Distributieplots en uitbijterplots voor elk chromosoom
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, onderwijs
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java, Z/R
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/fishingcnv/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
