Dit is de Linux-app met de naam Grinder waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Grinder-0.5.4.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik gratis deze app genaamd Grinder met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
Slijper
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Grinder is een veelzijdige open-source bioinformatische tool om gesimuleerde omic shotgun- en amplicon-sequentiebibliotheken te maken voor alle belangrijke sequencingplatforms.
Kenmerken
- shotgun of amplicon (bijv. 16S rRNA) leesbibliotheken
- omics-ondersteuning om genomische, transcriptomische, proteomische, metagenomische, metatranscriptomische of metaproteomische datasets te genereren
- willekeurige leeslengteverdeling en aantal leesbewerkingen
- simulatie van PCR- en sequentiefouten (chimaera's, puntmutaties, homopolymeren)
- ondersteuning voor gekoppelde (partnerpaar) datasets
- specifieke instellingen voor rang-overvloed of handmatig gegeven overvloed voor elk genoom, gen of eiwit
- creatie van datasets met een bepaalde rijkdom (alfadiversiteit)
- gerelateerde datasets kunnen een variabel aantal genomen delen (bèta-diversiteit)
- modellering van de bias gecreëerd door verschillende genoomlengtes of genkopie-nummers
- profielmechanisme om voorkeursopties op te slaan
- beschikbaar voor biologen of ervaren gebruikers via meerdere interfaces: GUI, CLI en API
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
