Dit is de Linux-app genaamd Natural product likeness calculator waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Natural_Product_Likeness_calculator_2.1.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Natuurlijke productgelijkeniscalculator gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
Calculator voor gelijkenis van natuurlijke producten
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Berekent de gelijkenis van een natuurlijk product (NP) van een molecuul, dwz de gelijkenis van het molecuul met de structuurruimte die wordt bedekt door bekende natuurlijke producten. NP-gelijkenis is een nuttig criterium om verbindingsbibliotheken te screenen en nieuwe hoofdverbindingen te ontwerpen.
Maven-afhankelijkheid:
uk.ac.ebi.cheminformatics
NP-gelijkenis
2.1
Vereiste opslagplaats:
ebi-repo
EBI maven-repository
http://www.ebi.ac.uk/~maven/m2repo
vals
De nieuwste versie van het project is hier beschikbaar in onze GIT-repository https://github.com/CS76/NP-Likeness
Kenmerken
- Controleer op redundante structuren in de dataset
- Standaardisatie van moleculen (verwijdering van tegenionen en metalen)
- Verwijder lineaire en ringsuikers
- Genereer atoomsignaturen
- Bereken de gelijkenis van een natuurlijk product van een bepaald molecuul op basis van beschikbare open data van natuurlijke producten
- SDF en SMILES voor I/O
- Gebruik uw eigen interne trainingsset om scores te berekenen
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/np-likeness/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
