Dit is de Linux-app genaamd SoftSV waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als SoftSV_1.4.2.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam SoftSV gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
ZachteSV
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
SoftSV is een hulpmiddel voor de detectie van kleine en grote deleties, inversies, tandemduplicaties en translocaties van gepaarde sequencinggegevens. Het maakt gebruik van afwijkende paired-end mappings om benaderende breekpuntregio's te bepalen en verfijnt de breekpunten door soft-clipped sequenties te analyseren voor mogelijke split-reads.
Voor meer informatie over het algoritme en een evaluatie, bekijk deze publicatie:
"Robuuste en exacte detectie van structurele variaties met paired-end en soft-clipped uitlijningen: SoftSV vergeleken met acht algoritmen"
(PMID-25998133)
Vermeld dit artikel als je SoftSV hebt gebruikt in je publicatie.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/softsv/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
