Dit is de Windows-app genaamd nichenetr waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als v2.0.4.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam nichenetr gratis uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
nichenetr
PRODUCTBESCHRIJVING
nichenetr: de R-implementatie van de NicheNet-methode. Het doel van NicheNet is om intercellulaire communicatie te bestuderen vanuit een computationeel perspectief. NicheNet gebruikt genexpressiegegevens van mensen of muizen van interacterende cellen als input en combineert deze met een eerder model dat bestaande kennis over ligand-naar-doel-signaleringspaden integreert. Dit maakt het mogelijk om ligand-receptor-interacties te voorspellen die genexpressieveranderingen in interessante cellen kunnen veroorzaken. Dit model van eerdere informatie over potentiële ligand-doelwitkoppelingen kan vervolgens worden gebruikt om actieve ligand-doelwitkoppelingen tussen interacterende cellen af te leiden. NicheNet geeft prioriteit aan liganden op basis van hun activiteit (dwz hoe goed ze waargenomen veranderingen in genexpressie in de ontvangercel voorspellen) en zoekt naar getroffen doelwitten met een hoog potentieel om door deze geprioriteerde liganden te worden gereguleerd.
Kenmerken
- NicheNet verschilt sterk van de meeste huidige computationele benaderingen om intercellulaire communicatie te bestuderen
- Beoordeel hoe goed liganden die door een zendercel tot expressie worden gebracht, veranderingen in genexpressie in de ontvangende cel kunnen voorspellen, waarbij liganden prioriteit krijgen op basis van hun effect op genexpressie
- Leid vermoedelijke ligand-doelwitkoppelingen af die actief zijn in het onderzochte systeem
- Valideer het eerdere ligand-doelmodel
- Constructie van door de gebruiker gedefinieerde eerdere ligand-doelmodellen
- We geven instructies over hoe u intuïtieve visualisaties van de belangrijkste voorspellingen kunt maken
Programmeertaal
R
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
