altreep - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

altree - Testy asocjacyjne i lokalizacyjne z wykorzystaniem drzew filogenetycznych

STRESZCZENIE

Altree [opcje]

Opcje:
--version Wersja programu
--short-help|h krótka wiadomość pomocy
--help Komunikat pomocy z opisami opcji
--mężczyzna pełna dokumentacja
--association|a wykonuje test powiązania
--s-lokalizacja|wykonuję lokalizację za pomocą znaku S
--pierwszy plik-wejściowy|i plik_wynikowy z programów rekonstrukcji filogenezy
--drugi-plik-wejściowy|j plik zawierający liczbę przypadków/kontroli niosących haplotyp
--plik-wyjściowy|o plik_wyjściowy
--typ-danych|t DNA|SNP
--data-qual|q jakościowe|ilościowe
--grupa zewnętrzna nazwa_grupy zewnętrznej
--usuń grupę zewnętrzną
--program-budowy drzew|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--bez przedłużenia
--chi2-threshold|n wartość
--permutacje|r liczba
--liczba drzew do analizy
--numer drzewa do analizy
--s-numer-strony numer
--s-site-characters stan przodków -> stan pochodny
--co-evo|e proste|podwójne
--drukuj-drzewo
--anc-seq sekwencja przodków (tylko w przypadku Filipa)
--nb-files liczba plików wejściowych do analizy (tylko dla testu skojarzeń)

OPCJE

--wersja
Wydrukuj wersję programu i wyjdzie.

--krótka pomoc
Wydrukuj krótki komunikat pomocy i wyjdź.

--help Wydrukuj wiadomość pomocy zawierającą opisy opcji i wyjścia.

--facet Drukuje stronę podręcznika i wychodzi.

--stowarzyszenie|a
Wykonaj test skojarzeń

--s-lokalizacja|l
Zlokalizuj miejsce podatności za pomocą „metody znaku S”

--pierwszy-plik-wejściowy|i plik_wynikowy
Plik wejściowy 1 (plik wyników paup, phylip lub paml). Jeśli jest kilka plików wejściowych
analizowane, ich nazwy muszą być oddzielone dwukropkami. Przykład: wejście 1: wejście 2 itd

--drugi-plik-wejściowy|j plik_korespondencji
Plik wejściowy 2, domyślny koresponduj.txt. Numer pliku wejściowego 2 musi być taki sam
jako numer pliku wejściowego 1. Nazwa innego pliku wejściowego 2 musi być
oddzielone dwukropkami

--plik-wyjściowy|o plik wyjściowy
Plik wyjściowy

--typ-danych|t "DNA"|"SN"
Typ danych: DNA (ATGCU) lub SNP (0-1)

--jakość-danych|q „jakościowe”|„ilościowe”
Analizuj dane jakościowe (przypadek/kontrola) lub ilościowe

--grupa zewnętrzna grupa robocza
Zrootuj drzewo tą grupą zewnętrzną

--usuń grupę zewnętrzną
Przed wykonaniem testów usuń grupę zewnętrzną drzewa

--program-budowy drzew|str "phylip"|"paup"|"paml"
Program rekonstrukcji filogenezy

--tryb podziału|s "nosplit"|"chi2split"
w jaki sposób przeprowadzane są testy z poziomu na inny

--bez przedłużenia
Brak przedłużania gałęzi na drzewie

--chi2-próg|n wartość
Próg istotności dla chi2 (wartość domyślna 0.01)

--permutacje|r numer
Liczba permutacji użytych do obliczenia dokładnych wartości p (tylko dla skojarzenia
test)

--liczba drzew do analizy numer
Liczba drzew do analizy w analizie lokalizacji (tylko dla lokalizacji
metoda wykorzystująca znak S)

--drzewo do analizy numer
Dzięki tej opcji możesz określić drzewo, które ma być używane (zamiast losowego). Może być użyte
kilka razy, aby określić wiele drzew.

--s-numer-strony numer
Numer miejsca ze znakiem S w sekwencji (tylko w przypadku metody lokalizacji przy użyciu
Znak S)

--s-znaki-witryny przejście
Stany znaku dla znaku S: stan przodków -> stan pochodny np.: G->C lub
0->1 (tylko dla metody lokalizacji wykorzystującej znak S)

--co-evo|e "prosty"|"podwójny"
Rodzaj wskaźnika koewolucji
proste: używane jest tylko przejście anc -> der S
double: używane są dwa możliwe przejścia

--drukuj-drzewo
Jeżeli ta opcja jest zaznaczona, drzewo zostanie wydrukowane na wyjściu

--anc-nast anc_sekw
Dzięki tej opcji możesz określić kolejność przodków. Ta opcja jest tylko
przydatne, gdy drzewo jest rekonstruowane przy użyciu programu mieszania phylip z
stany przodków określone w pliku „ancestors”

--nb-pliki numer
Dzięki tej opcji określasz liczbę plików wejściowych (1 i 2), które mają być analizowane
opcja działa tylko w przypadku testu skojarzeń. Zachowaj ostrożność, jeśli liczba drzew jest
nie są takie same dla różnych plików wejściowych: jeśli wybrane drzewo nie istnieje w
jednego pliku, program nie będzie działał poprawnie

OPIS

To zdjęcie program wykonuje

a) test powiązania między genem kandydującym a chorobą lub cechą ilościową

(b) testy lokalizacyjne: pozwalają wykryć, który SNP bierze udział w determinizmie
choroby lub cechy ilościowej

Te dwa testy opierają się na analizie drzew filogenetycznych haplotypów.

Korzystaj z altreep online, korzystając z usług onworks.net