amap — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

amap - wielokrotne dopasowanie białek przez wyżarzanie sekwencji

STRESZCZENIE

Mapa [OPCJA] [PLIK MFA] [PLIK MFA]

OPIS

AMAP jest narzędziem do przeprowadzania wielu dopasowań sekwencji peptydowych. Wykorzystuje tylne
dekodowanie i dopasowanie wyżarzania sekwencji zamiast tradycyjnego progresywnego
metoda wyrównania. Jest to jedyny program wyrównujący, który pozwala na sterowanie
kompromis czułości / specyficzności. Opiera się na kodzie źródłowym ProbCons, ale używa
dokładność metryki wyrównania i eliminuje transformację spójności.

W domyślnej konfiguracji AMAP jest dostrojony tak, aby zmaksymalizować oczekiwaną metrykę wyrównania
Wynik dokładności (AMA) — nowa miara dokładności wyrównania, oparta na metryce dla
przestrzeń wielokrotnego wyrównania, która integruje czułość i specyficzność w jednym
zrównoważony środek. AMA definiuje się jako frakcję prawidłowo wyrównanych reszt (albo do
innej reszty lub przerwy) z całkowitej liczby reszt we wszystkich sekwencjach.

Mapa wyrównuje sekwencje dostarczone w formacie MFA. Ten format składa się z wielu sekwencji.
Każda sekwencja w formacie MFA zaczyna się od jednowierszowego opisu, po którym następują wiersze
dane sekwencyjne. Linia opisu różni się od danych sekwencyjnych przez a
symbol „większy niż” („>”) w pierwszej kolumnie.

OPCJE

-clustalw
użyj formatu wyjściowego CLUSTALW zamiast MFA

-c --spójność REPREZENTANT
użyj 0 <= REPREZENTANT <= 5 (domyślnie: 0) przebiegi transformacji konsystencji

-ir --iteracyjnie-doprecyzowanie REPREZENTANT
użyj 0 <= REPREZENTANT <=1000 (domyślnie: 0) przebiegów iteracyjnego doprecyzowania

-przed --Trening wstępny REPREZENTANT
użyj 0 <= REPREZENTANT <= 20 (domyślnie: 0) rund przedtreningu

-pary
generuj wyrównania w parach dla wszystkich par

-viterbi
użyj algorytmu Viterbiego do wygenerowania wszystkich par (automatycznie włącza -pary)

-v --gadatliwy
Raportuj postęp podczas wyrównywania (domyślnie: wyłączone)

-przypis NAZWA PLIKU
napisz adnotację dla wielokrotnego wyrównania do NAZWA PLIKU

-t --pociąg NAZWA PLIKU
obliczyć prawdopodobieństwa przejścia EM, przechowywać w NAZWA PLIKU (domyślnie: bez treningu)

-e --emisje
również przeszacować prawdopodobieństwa emisji (domyślnie: wyłączone)

-p --plik parametrów NAZWA PLIKU
odczytaj parametry z NAZWA PLIKU (domyślny: )

-a --kolejność-wyrównania
drukuj sekwencje w kolejności wyrównania, a nie kolejności wprowadzania (domyślnie: wyłączone)

-g --czynnik-przerwy GF
posługiwać się GF jako parametr współczynnika przerwy, ustaw 0 dla najlepszej czułości, wyższe wartości dla
lepsza specyficzność (domyślnie: 0.5)

-w -- próg-wagi-krawędzi W
zatrzymaj proces wyżarzania sekwencyjnego, gdy najlepsza krawędź ma mniejszą wagę niż W, ustaw na 0
dla najlepszej czułości, wyższe wartości dla lepszej specyficzności (domyślnie: 0)

-wałówka --progresywny
użyj wyrównywania progresywnego zamiast wyrównywania sekwencji (domyślnie: wyłączone)

-brak kolejności --zmiana kolejności bez krawędzi
wyłącz zmianę kolejności krawędzi podczas wyrównywania sekwencji (domyślnie: wyłączone)

-maksymalny krok --use-max-stepsize
użyj maksymalnego rozmiaru kroku poprawy zamiast rankingu krawędzi tGf (domyślnie: wyłączone)

-wydrukować --drukuj plakaty
drukuj tylko późniejsze macierze prawdopodobieństwa (domyślnie: wyłączone)

-gui START KROK
wydruk danych wyjściowych dla GUI opartego na języku AMAP Display Java (domyślnie: ) zaczynając od wagi START
(domyślnie: nieskończoność) z wielkością kroku KROK (domyślny: )

PRZYKŁADY

Aby uruchomić AMAP z domyślnymi opcjami, zmień na wyrównać katalog i typ:

% Mapa

Jeśli nie podano nazwy pliku, drukowana jest lista opcji.

Aby użyć wyświetlacza AMAP, uruchom AMAP z opcją -gui i zapisz dane wyjściowe w pliku
plik, a następnie użyj pliku jako danych wejściowych do AmapDisplay. Na przykład wpisz:

% wyrównaj/zmapuj -gui przykłady/BB12020.tfa > przykłady/BB12020.tfa.out

% Jawa -słoik display/AmapDisplay.jar przykłady/BB12020.tfa.out

(w systemach Debian, przykłady katalog jest w /usr/share/doc/amap-align/examples

UWAGA

W starszych wersjach (< 2.0-1) pakietu dla systemów Debian(TM) plik Mapa polecenie było
przemianowany amap-align ponieważ istniało już inne narzędzie o nazwie Mapa (który wykonuje niektóre
diagnostyka sieci komputerowych). Dowiązanie symboliczne amap-align jest nadal udostępniany do aktualizacji
celów, ale zostanie usunięty w wydaniach Debiana wcześniejszych niż Etch (Debian 4.0).

Korzystaj z amap online, korzystając z usług onworks.net