To jest polecenie anfo, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
anfo - znajdź najlepsze dopasowanie krótkich odczytów do bazy danych
STRESZCZENIE
anfo [ opcja | filet ... ]
OPIS
anfo wyrównuje (krótkie) odczyty sekwencjonowania do bazy danych (wielkości gigabazy). Wykorzystuje heurystykę
metodę wysiewu, ale następnie stosuje prawdziwy aligner, który pozwala na luki, rozumie uszkodzenia
wzorów w starożytnym DNA i daje łatwy do interpretacji wynik.
Pliki wejściowe mogą być dowolnymi plikami FastA lub FastQ lub natywnymi anfo plik binarny,
Opcjonalnie skompresowane za pomocą gziporbzip2. Format pliku jest automatycznie rozpoznawany i
można dodać inne formaty.
OPCJE
-V, --wersja
Wydrukuj numer wersji i wyjdź.
-o plik, --plik wyjściowy
Zapisz dane wyjściowe do filet. filet zostanie napisany w języku ojczystym anfo formacie binarnym, który
można obsługiwać po użyciu anfo-narzędzie lub wiązania do podstęp.
-c konfiguracja, --config konfiguracja
Odczytaj konfigurację z plik konfiguracyjny. Ten plik konfiguruje używane indeksy i
co za tym idzie, do jakich genomów dokonuje się dopasowania, jakich parametrów użyć w
aligner i może ustawiać ścieżki. Zobacz przykładowy plik.
-p liczba, --threads liczba
Start num nici do wyrównania. Zwykle jest jeden taki wątek na rdzeń procesora
najlepiej.
-x liczba, --ixthreads liczba
Start num wątki do indeksowania. Indeksowanie zwykle zużywa mniej mocy procesora niż
wyrównanie, więc zwykle lepiej jest mniej indeksatorów niż alignerów.
--solexa-skala
Podczas odczytu plików FastQ użyj skali Solexa (log-odds-ratios) zamiast
standardowa skala Phread (prawdopodobieństwa). Jeśli korzystasz z sekwencerów Solexa/Illumina,
zapoznaj się z dokumentacją, czy tego potrzebujesz. Inaczej nie.
--fastq-origin ori
Ustaw źródło dla dekodowania FastQ na lub. Standardowo i domyślnie jest to 33, ale musi
ustawić na 64 dla niektórych wersji oprogramowania Solexa/Illumina. Jeśli użyjesz
Sekwencery Solexa/Illumina, sprawdź w swojej dokumentacji, czy tego potrzebujesz.
Inaczej nie.
-q, --cichy
Pomiń wszystkie dane wyjściowe z wyjątkiem błędów krytycznych.
-v, --pełne
Wydrukuj wskaźnik postępu podczas pracy.
ŚRODOWISKO
ANFO_PATH
Oddzielona dwukropkami lista katalogów wyszukiwanych w poszukiwaniu plików genomu i indeksu.
Korzystaj z anfo online za pomocą usług onworks.net