Berkeley-Express — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

berkeley-express — Kwantyfikacja strumieniowania na potrzeby sekwencjonowania o dużej przepustowości

OPIS

Użycie pliku: express [opcje] Zastosowanie rurki: muszka
[opcje] -S | ekspresowe [opcje]

Wymagane argumenty:

plik sekwencji docelowej w formacie fasta


odczytaj plik wyrównania w formacie SAM lub BAM

Standardowa Opcje:
-h [ --help ]
wygeneruj wiadomość pomocy

-o [ --katalog-wyjściowy ] argument (=.)
zapisz wszystkie pliki wyjściowe w tym katalogu

-D [ --przetwarzanie wstępne ]
uruchom skrypt przetwarzania wstępnego dla eXpressD

-m [ --frag-len-mean ] argument (=200)
wstępne oszacowanie średniej długości fragmentu

-s [ --frag-len-stddev ] argument (=80)
wcześniejsze oszacowanie odchylenia standardowego długości fragmentu

-H [ --haplotype-plik ] ar
ścieżka do pliku zawierającego pary haplotypów

-B [ --dodatkowa partia ] argument (=0)
liczba dodatkowych rund EM wsadowych po początkowej rundzie online

-O [ --dodatkowe-online ] arg (=0) liczba dodatkowych rund EM online
po pierwszej rundzie online

-L [ --max-read-len ] argument (=250)
maksymalna dozwolona długość odczytu

--wyjście-wyrównanie-prob
dopasowania wyjściowe (sam/bam) z przypisaniami probabilistycznymi

--wyjście-wyrównanie-samp
dopasowania wyjściowe (sam/bam) z próbkowanymi przypisaniami

--fr-osierocony
akceptuj tylko wyrównania do przodu->do tyłu (protokoły drugiej nici)

--rf-strand
akceptuj tylko wyrównania do tyłu->do przodu (protokoły pierwszej nici)

--f-osierocony
akceptuj tylko wyrównania typu forward single-end (protokoły drugiej nici)

--r-osierocony
akceptuj tylko odwrotne wyrównanie na jednym końcu (protokoły pierwszej nici)

--bez sprawdzania aktualizacji
wyłącza automatyczne sprawdzanie dostępności aktualizacji przez Internet

--logtostderr
wypisuje wszystkie komunikaty rejestrowania na stderr

Zaawansowane Opcje:
-f [ --zapomnij o parametrze ] argument (=0.84999999999999998)
ustawia parametr „współczynnik zapominania” (0.5 < c <= 1)

--rozmiar-biblioteki arg
określa rozmiar biblioteki dla FPKM zamiast obliczać na podstawie linii trasowania

--max-indel-rozmiar argument (=10)
ustawia maksymalny dozwolony rozmiar indelu, wpływając na wcześniejszy geometryczny indel

--calc-covar
obliczyć i wyprowadzić macierz kowariancji

--wyrażenie-alfa argument (=0.0050000000000000001)
określa siłę poprzednika na bp

--Zatrzymaj się przy argument (=0)
ustawia liczbę fragmentów do przetworzenia, wartość wyłączona wynosi 0

--wypalić się argument (=5000000)
ustawia liczbę fragmentów, po upływie których aktualizacja parametrów pomocniczych ma zostać zatrzymana

--bez-stronniczości-poprawne
wyłącza korekcję odchylenia

--model bez błędów
wyłącza modelowanie błędów

--aux-param-plik arg
ścieżka do pliku zawierającego parametry pomocnicze, których można używać zamiast uczenia się

Korzystaj z Berkeley-express online, korzystając z usług onworks.net