Jest to polecenie bp_hmmer_to_tablep, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_hmmer_to_table - zamień dane wyjściowe HMMER na format tabelaryczny
STRESZCZENIE
bp_hmmer_to_table [-e filtr wartości] [-b filtr wyniku bitowego] [--nagłówek] [-o plik wyjściowy] plik wejściowy1 plik wejściowy2 ...
OPIS
Opcje wiersza poleceń:
-e/--evalue evalue -- filtruj według evalue
-b/--bitscore wynik bitowy -- filtruj według wyniku bitowego
--header -- flaga logiczna do wydrukowania nagłówka kolumny
-o/--out -- opcjonalny plik wyjściowy do zapisu danych,
w przeciwnym razie napiszę do STDOUT
-h/--help -- pokaż tę dokumentację
Technicznie rzecz biorąc, nie jest to skrypt SearchIO, ponieważ nie wykorzystuje on żadnych komponentów Bioperl, ale jest to skrypt
przydatne i szybkie. Dane wyjściowe są danymi tabelarycznymi.
sekwencja zapytań/domena (są one odwracane dla hmmsearch / hmmpfam)
początek zapytania
koniec zapytania
nazwa domeny/sekwencji lub przystąpienie do PFAM
naciśnij start
koniec hitu
wynik
wartość elektroniczna
nazwa domeny/sekwencji (są one odwracane w przypadku hmmsearch / hmmpfam)
AUTOR - Jason Stajicz
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Korzystaj z bp_hmmer_to_tablep online, korzystając z usług onworks.net
