To jest polecenie bp_search2tribep, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_search2tribe — Przekształć możliwe do przeanalizowania raporty SearchIO w macierz TRIBE
STRESZCZENIE
Stosowanie:
bp_search2tribe [-o plik wyjściowy] [-f format raportu] [-w/--waga] plik1 plik2 ..
OPIS
Ten skrypt jest prawdopodobnie zbyt wolny do zastosowań większości ludzi. Lepiej użyć czegoś
jak scripts/searchio/fastam9_to_table, -m 9 wyjście z BLAST lub blast2table z
książkę BLAST O'Reilly, aby uzyskać tabelaryczne dane wyjściowe z tych programów, a następnie nakarmić
table do MCL za pomocą skryptu mcxdeblast i opcji --m9.
Ten skrypt zmieni raport wyszukiwania białek (BLASTP, FASTP, SSEARCH) w raport Markowa
Macierz do klastrowania TribeMCL.
Dostępne są następujące opcje:
-o nazwa pliku - nazwa pliku wyjściowego [domyślne STDOUT]
-f format - format wyniku wyszukiwania (blast, fasta)
(ssearch to format fasta). domyślnie jest wybuch.
-w lub --weight WARTOŚĆ - Zmień domyślną wagę dla trafień E(0.0).
do WARTOŚCI (domyślnie=200 (tj. 1e-200) )
-h - to menu pomocy
Dodatkowo określ nazwy plików, które chcesz przetworzyć w wierszu poleceń. Jeśli nie ma plików
są określone, to przyjmowane jest wejście STDIN. Określasz to, wykonując: bp_search2tribe
plik1 plik2 plik3
Użyj bp_search2tribep online, korzystając z usług onworks.net