Jest to polecenie bp_taxonomy2treep, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_taxonomy2tree — budowanie drzewa taksonomicznego na podstawie pełnych rodowodów zbioru
nazwy gatunków
OPIS
Ten skrypt wyszukuje podane nazwy gatunków w bazie danych NCBI Taxonomy, pobiera
ich pełny rodowód i umieszcza je w drzewie taksonomicznym Newicka wyświetlanym na ekranie.
bp_taxonomy2tree.pl -s orangutan -s goryl -s szympans -s człowiek
bp_taxonomy2tree.pl -s orangutan -s goryl -s szympans -s "Homo sapiens"
Może również podać -d, aby określić katalog, w którym mają być przechowywane pliki indeksu, -o, aby określić
położenie pliku węzłów NCBI i -a dla pliku nazw NCBI. Lub opcja -e do użycia
internetową bazę danych taksonomii Entrez, jeśli nie masz zainstalowanych plików płaskich NCBI.
Ten skrypt wymaga również zainstalowania pakietu bioperl-run.
Udostępnienie plików nodes.dmp i names.dmp ze zrzutu taksonomii NCBI (zob
Bio::DB::Taxonomy::flatfile, aby uzyskać więcej informacji) jest konieczne tylko przy pierwszym uruchomieniu.
Spowoduje to utworzenie lokalnych indeksów i może zająć dość dużo czasu. Jednak raz stworzony,
indeksy te umożliwią gatunkowi szybki dostęp do identyfikatora taksonu LUB identyfikatora taksonu do nazwy gatunku
wyszukiwania.
AUTOR - Gabriel Walenty, ponownie zaimplementowany by Wysłać Bala
E-mail [email chroniony] E-mail [email chroniony]
Korzystaj z bp_taxonomy2treep online, korzystając z usług onworks.net
