To jest kod polecenia, który można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
codonw - Analiza korespondencji wykorzystania kodonów
OPIS
codonW [plik_wejściowy] [plik_wyjściowy] [plik_wyjściowy] [opcje] Opcje ogólne i domyślne:
-h(elp)
Ta wiadomość pomocy
-nomenu
Zapobiegaj wyświetlaniu interfejsu menu
-teraz ostrzegam
Zapobiegaj wyświetlaniu ostrzeżeń o wyświetlanych sekwencjach
-cichy
Nadpisuj pliki po cichu
-sumy
Połącz wszystkie geny w pliku wejściowym
-maszyna
Wyjście do odczytu maszynowego
-człowiek Dane wyjściowe czytelne dla człowieka
-kod N
Kod genetyczny zgodnie z definicją w menu 3 opcja 5
-f_typ N
Kodony Fop/CBI zgodnie z definicją w menu 3 opcja 6
-c_typ N
Wartości sprawności Cai określone w opcji 3 menu 7
-t (zwęglać)
Separator kolumn do wykorzystania w plikach wyjściowych (przecinek, tabulator, spacja)
Wskaźniki wykorzystania kodonów i wskaźniki aminokwasów
-cai obliczyć wskaźnik adaptacji kodonów (CAI)
-fircyk obliczyć Częstość OPtymalnego indeksu kodonów (FOP)
-cbi obliczyć indeks odchylenia kodonów (CBI)
-enk Efektywna liczba kodonów (ENc)
-gc Zawartość G+C genu (wszystkie 3 pozycje kodonów)
-gcs3 GC kodonów synonimicznych 3. pozycje
-sil_baza
Skład zasad w synonimicznych pozycjach trzeciego kodonu
-L_sym Liczba synonimicznych kodonów
-L_aa Całkowita liczba kodonów synonimicznych i niesynonimicznych
-wszystkie_indeksy
Wszystkie powyższe wskaźniki
-aro Oblicz aromatyczność białka
-hydr Oblicz hydropatyczność białka
-cai_plik
{file} Plik wejściowy użytkownika z wartościami CAI
-cbi_plik
{file} Plik danych wejściowych użytkownika z wartościami CBI
-fop_plik
{file} Plik wejściowy użytkownika zawierający wartości Fop
Opcje analizy korespondencji (COA).
-coa_cu
COA częstotliwości użycia kodonów
-coa_rscu
Autentyczność względnego użycia kodonów synonimicznych
-coa_aa
COA częstotliwości użycia aminokwasów
-coa_ekspert
Generuj szczegółowe (eksperckie) statystyki dotyczące COA
-coa_axes N
Wybierz numer osi do zapisania
-coa_num N
Wybierz liczbę genów do wykorzystania w celu identyfikacji optymalnych wartości kodonów, które mogą być całe
liczby lub procent (5 lub 10%)
Opcje wyjścia zbiorczego | można wybrać tylko jeden na analizę
-au Zużycie aminokwasów (AAU)
-raau Względne zużycie aminokwasów (RAAU)
-z Wykorzystanie kodonów (CU) (domyślnie)
-przekrój Tabelaryczne wykorzystanie kodonów
-przekrój Tabelaryczne użycie kodonów w zestawie danych
-rscu Względne użycie kodonów synonimicznych (RSCU)
-szybko formacie fasta
-czysty formacie fasta
-czytelnik
Format czytnika (kodony są oddzielone spacjami)
-przetłumacz
Koncepcyjne tłumaczenie DNA na aminokwas
-baza Szczegółowy raport składu kodonów G+C
-dinuk Wykorzystanie dinukleotydu z trzema kodonami poz.
-Noblk Brak masowego wyjścia do zapisania w pliku
Gdzie {plik} reprezentuje nazwę pliku wejściowego, a N wartość całkowitą Kontrolowane wyjście <>
Korzystaj z codenw online za pomocą usług onworks.net
